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- PDB-3rok: Crystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rok
タイトルCrystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-27
要素ADP-ribosyl cyclase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / Calcium signaling / inhibitory compound / covalent intermediate / CZ-27 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-27C / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Catalysis-based inhibitors of the calcium signaling function of CD38.
著者: Kwong, A.K. / Chen, Z. / Zhang, H. / Leung, F.P. / Lam, C.M. / Ting, K.Y. / Zhang, L. / Hao, Q. / Zhang, L.H. / Lee, H.C.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6554
ポリマ－59,0792
非ポリマー5762
水6,630368
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8282
ポリマ－29,5391
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8282
ポリマ－29,5391
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.870, 53.658, 63.562
Angle α, β, γ (deg.)109.560, 90.950, 94.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 29539.479 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 45-296) / 変異: N100D, N164D, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 糖 ChemComp-27C / 5-O-[(S)-butoxy(hydroxy)phosphoryl]-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-arabinofuranose / Inhibitor CZ-27 based on arabinosyl-2-fluoro-2-deoxynicotinamide mononucleotide, bound form / 5-O-[(S)-butoxy(hydroxy)phosphoryl]-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-arabinose / 5-O-[(S)-butoxy(hydroxy)phosphoryl]-2-deoxy-2-fluoro-D-arabinose / 5-O-[(S)-butoxy(hydroxy)phosphoryl]-2-deoxy-2-fluoro-arabinose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 288.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18FO7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE REAL LEAVING GROUP NICOTINAMIDE OF LIGAND 27C CAN NOT BE SEEN IN THE STRUCTURE
配列の詳細Q -> T AT THIS POSITION IN GENBANK AAA68482

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 % / Mosaicity: 0.668 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M sodium acetate pH4.0, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, 15% PEG10000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
51
61
71
81
91
101
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 59566 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.262 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.7140.39959441.046195.5
1.71-1.7840.2859290.949295.9
1.78-1.8640.19459810.973396.2
1.86-1.9640.14359880.957496.5
1.96-2.0840.10560741.137597
2.08-2.2440.08660161.135697.3
2.24-2.4640.07660741.322797.6
2.46-2.8240.06960901.581898.1
2.82-3.553.90.06360911.829998.1
3.55-503.60.05753791.81086.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3


解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.1943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8785 / SU B: 4.105 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1049 / SU Rfree: 0.1005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 3006 5.1 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1812 59515 95.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.99 Å2 / Biso mean: 33.447 Å2 / Biso min: 4.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å2-0.02 Å20.11 Å2
2--0.41 Å20.61 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4082 0 34 368 4484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.9425771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8163.0017101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5125507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86424.258209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82615741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6311528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5741.52525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1571.51003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14524121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96131727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0224.51647
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 188 -
Rwork0.212 3900 -
all-4088 -
obs--88.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.36970.1430.7482.7773-0.38291.92120.32690.3229-1.3866-0.0829-0.0840.07640.1261-0.0172-0.2430.09550.0379-0.06280.0414-0.08930.3922-6.105-7.72648.606
27.39670.37273.68235.2422-0.997.82380.2122-0.5307-0.52580.6150.00680.2940.486-0.2091-0.21910.14930.01630.04490.06780.04480.0693-17.3959.76855.898
311.6648-1.65841.46093.3027-1.67491.99210.2206-0.385-0.86780.1065-0.1026-0.1434-0.02150.1175-0.1180.0644-0.0038-0.03740.0390.00870.1544-1.917-1.75952.036
43.21730.3053-0.45033.05020.21723.39110.0697-0.36310.11120.4529-0.02240.0561-0.12760.0235-0.04720.10660.01220.01120.07640.00450.0178-12.7520.19155.995
52.91640.2611-0.92552.0632-1.20084.10160.03590.06120.2457-0.0735-0.0344-0.0574-0.30710.1034-0.00150.07750.00420.00310.0112-0.00070.065111.11127.47731.856
69.05690.25891.39365.1422-0.20953.4988-0.24960.55170.0705-0.0650.1103-0.5878-0.04490.40290.13940.1887-0.02270.0120.1371-0.04350.104314.56213.60515.102
73.80140.7406-1.0491.2711-1.02456.4158-0.0817-0.1612-0.155-0.07890.02160.0190.1713-0.03810.060.01960.0086-0.00050.0170.01150.03089.2520.15235.151
83.6389-1.5181-0.08794.8084-0.19712.0777-0.16590.0945-0.26730.03670.0032-0.13720.3584-0.02010.16280.2522-0.0560.02450.1437-0.04380.12388.5273.47415.139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3A141 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B45 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6B117 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7B145 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8B194 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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