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万見
- PDB-3roe: Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3roe
タイトルCrystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein in Complex with Thymidine
要素Apolipoprotein A-I-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane raft distribution / NAD(P)H-hydrate epimerase / regulation of cholesterol efflux / NAD(P)HX epimerase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / : / sprouting angiogenesis / lipid transport / negative regulation of angiogenesis ...membrane raft distribution / NAD(P)H-hydrate epimerase / regulation of cholesterol efflux / NAD(P)HX epimerase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / : / sprouting angiogenesis / lipid transport / negative regulation of angiogenesis / cell body / cilium / nucleotide binding / mitochondrion / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
YjeF N-terminal domain-containing protein NAXE-like / YjeF N-terminal domain / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF N-terminal domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE / NAD(P)H-hydrate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Jha, K.N. / Cymborowski, M. / Herr, J.C. / Minor, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening.
著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22022年4月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.type ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.type / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-I-binding protein
B: Apolipoprotein A-I-binding protein
C: Apolipoprotein A-I-binding protein
D: Apolipoprotein A-I-binding protein
E: Apolipoprotein A-I-binding protein
F: Apolipoprotein A-I-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,69112
ポリマ－179,2386
非ポリマー1,4536
水8,593477
1
A: Apolipoprotein A-I-binding protein
C: Apolipoprotein A-I-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2304
ポリマ－59,7462
非ポリマー4842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
2
B: Apolipoprotein A-I-binding protein
D: Apolipoprotein A-I-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2304
ポリマ－59,7462
非ポリマー4842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
3
E: Apolipoprotein A-I-binding protein
F: Apolipoprotein A-I-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2304
ポリマ－59,7462
非ポリマー4842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.209, 124.446, 164.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Apolipoprotein A-I-binding protein / AI-BP


分子量: 29872.963 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aibp, Apoa1bp / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8K4Z3
#2: 化合物
ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12712 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12712 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.087 / 数: 477756
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 477756 / Num. obs: 477756 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 26.826
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.568 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 83.3
Cell measurementReflection used: 477756

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O8N

2o8n


解像度: 2.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.572 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 5864 5 %RANDOM
Rwork0.17651 ---
obs0.17823 111053 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.04 Å20 Å24.49 Å2
2---3.5 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10848 0 102 477 11427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02211274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.732.00515368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.049318933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22451396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67624.678451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.741151809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2951536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.57020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.52762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.694211412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79734254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3024.53954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 408 -
Rwork0.257 7719 -
obs--92.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39581.4255-0.02522.4689-0.22030.65970.1221-0.0844-0.09260.4068-0.0934-0.0259-0.05770.0171-0.02870.18550.0027-0.06520.19120.02740.1426-0.5760.27390.997
20.6841-0.51080.07461.3556-0.14570.34140.07730.0404-0.0704-0.121-0.04970.01430.00890.0179-0.02760.07560.0256-0.15820.302-0.0080.232752.5054.067148.605
32.12071.921-0.56842.7018-0.79330.94970.09030.14620.32090.14010.17970.4293-0.1432-0.0251-0.270.1375-0.0086-0.06730.19640.03850.19098.57226.23978.596
41.148-0.739-0.07851.01250.21410.4664-0.0063-0.05650.07130.01220.0306-0.086-0.0681-0.0028-0.02430.07120.03-0.1430.3034-0.01410.213144.23430.453160.798
50.7076-0.0572-0.77590.5636-0.11662.2272-0.0458-0.038-0.0334-0.1002-0.0231-0.04360.0520.13850.06890.0910.0083-0.11270.2770.00910.144435.82633.618109.475
61.1472-0.4271-0.71020.52650.40072.0484-0.07080.0525-0.16980.0091-0.02590.11060.0736-0.21990.09660.0666-0.0006-0.13560.3085-0.01420.218114.63935.349130.991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5E26 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6F26 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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