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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro4
タイトルX-ray Structure of Ketohexokinase in complex with an indazole compound derivative
要素Ketohexokinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / ATP Binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion ...Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LJ9 / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Abad, M.C. / Gibbs, A.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Optimization of a pyrazole hit from FBDD into a novel series of indazoles as ketohexokinase inhibitors.
著者: Zhang, X. / Song, F. / Kuo, G.H. / Xiang, A. / Gibbs, A.C. / Abad, M.C. / Sun, W. / Kuo, L.C. / Sui, Z.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6785
ポリマ－68,1532
非ポリマー5253
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.610, 86.034, 139.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 34076.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / プラスミド: pET28s / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-LJ9 / 3-ethyl-6-[(3aR,6aS)-hexahydropyrrolo[3,4-c]pyrrol-2(1H)-yl]-1-phenyl-1H-indazole


分子量: 332.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM C (UNP ENTRY P50053-2)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal mono, Si(111) from accel
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.5 Å / Num. all: 31707 / Num. obs: 30121 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.97 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3.53-3.880.10210.73166195.2
3.28-3.530.1238.33167196
3.08-3.280.1616.33098196.5
2.93-3.080.20253144197
2.8-2.930.2733.83135197.4
2.69-2.80.3433.13100197.5
2.6-2.690.4082.63133197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NBV

3nbv


解像度: 2.6→30.194 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1962 6.63 %random
Rwork0.2582 ---
obs0.2608 29601 93.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.5 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4480 0 35 30 4545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1746223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3661702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.66510.61961350.65071950X-RAY DIFFRACTION94
2.6651-2.73710.56821360.5931960X-RAY DIFFRACTION94
2.7371-2.81760.60311430.57151941X-RAY DIFFRACTION94
2.8176-2.90840.5721370.50821958X-RAY DIFFRACTION93
2.9084-3.01230.42121370.37761964X-RAY DIFFRACTION94
3.0123-3.13280.40221470.34751976X-RAY DIFFRACTION95
3.1328-3.27520.33721440.28791988X-RAY DIFFRACTION96
3.2752-3.44760.27711400.2272034X-RAY DIFFRACTION96
3.4476-3.66330.2521400.21392000X-RAY DIFFRACTION95
3.6633-3.94560.23561470.20191998X-RAY DIFFRACTION95
3.9456-4.34160.24621460.1932001X-RAY DIFFRACTION94
4.3416-4.96740.20561380.18622007X-RAY DIFFRACTION94
4.9674-6.24930.28541460.21322000X-RAY DIFFRACTION93
6.2493-30.19570.26461260.22861862X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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