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- PDB-3ro2: Structures of the LGN/NuMA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro2
タイトルStructures of the LGN/NuMA complex
要素
  • G-protein-signaling modulator 2
  • peptide of Nuclear mitotic apparatus protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / TPR repeat / protein-protein interaction / protein-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / cortical microtubule / Mitotic Prophase / microtubule bundle / lateral cell cortex ...anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / cortical microtubule / Mitotic Prophase / microtubule bundle / lateral cell cortex / positive regulation of chromosome segregation / cell cortex region / mitotic spindle astral microtubule / maintenance of centrosome location / microtubule minus-end binding / mitotic spindle midzone / positive regulation of hair follicle development / astral microtubule organization / G alpha (i) signalling events / microtubule plus-end / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / positive regulation of spindle assembly / spindle pole centrosome / microtubule plus-end binding / positive regulation of BMP signaling pathway / microtubule bundle formation / positive regulation of keratinocyte differentiation / response to light intensity / GDP-dissociation inhibitor activity / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitotic spindle pole / nucleus organization / dynein complex binding / establishment of mitotic spindle orientation / G-protein alpha-subunit binding / lateral plasma membrane / positive regulation of protein localization to cell cortex / positive regulation of microtubule polymerization / phosphatidylinositol binding / tubulin binding / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / spindle microtubule / spindle / nuclear matrix / spindle pole / disordered domain specific binding / mitotic spindle / chromosome / cell cortex / microtubule binding / postsynaptic density / protein domain specific binding / cell division / nucleotide binding / neuronal cell body / centrosome / dendrite / protein-containing complex binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / NuMA N-terminal hook domain / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat ...: / : / NuMA N-terminal hook domain / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear mitotic apparatus protein 1 / G-protein-signaling modulator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shang, Y. / Wei, Z.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: LGN/mInsc and LGN/NuMA complex structures suggest distinct functions in asymmetric cell division for the Par3/mInsc/LGN and G[alpha]i/LGN/NuMA pathways
著者: Zhu, J. / Wen, W. / Zheng, Z. / Shang, Y. / Wei, Z. / Xiao, Z. / Pan, Z. / Du, Q. / Wang, W. / Zhang, M.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein-signaling modulator 2
B: peptide of Nuclear mitotic apparatus protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0675
ポリマ－40,7902
非ポリマー2763
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.305, 91.305, 178.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 G-protein-signaling modulator 2 / Pins homolog


分子量: 37343.672 Da / 分子数: 1 / 断片: TPR domain, UNP residues 22-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpsm2, Lgn, Pins / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8VDU0
#2: タンパク質・ペプチド peptide of Nuclear mitotic apparatus protein 1 / NuMA protein / SP-H antigen


分子量: 3446.718 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1899-1926 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14980
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MgCl2, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% w/v polyacrylic acid 5100 buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.14 Å / Num. obs: 20308 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 14.891 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS; ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27091 1012 5.1 %RANDOM
Rwork0.21472 ---
obs0.21753 18723 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2658 0 18 103 2779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0041.9433702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3065351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29924.173139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27215416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7561517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34921727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.28732694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.78841011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.56261006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 71 -
Rwork0.229 1319 -
obs--95.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7425-2.2603-0.74656.4580.25067.3232-0.2871-0.44130.04620.59530.19960.0002-0.32230.34490.08750.2511-0.1123-0.04150.1871-0.08660.189517.185836.7117-11.557
222.2685-10.1107-8.802610.97674.25873.70070.11721.73090.3012-0.2028-0.2394-0.185-0.4655-0.44090.12221.0704-0.433-0.18560.45710.22840.5346-12.441435.7921-13.4658
38.6269-1.0201-0.85474.6738-1.52124.16330.20060.06950.6177-0.3236-0.2555-0.1712-1.122-0.02720.0550.78390.15370.03240.25930.01810.3635-25.465951.1098-12.4691
413.05540.30181.09185.3237-0.26014.2448-0.27620.86870.2886-0.5780.14280.2395-0.5834-0.27150.13341.03280.2502-0.04150.53970.0750.5074-30.160156.4972-22.9988
57.2124-3.06070.37987.12160.82714.84390.0583-0.06240.14230.1872-0.0579-0.12210.04780.3275-0.00040.0561-0.06090.02660.0975-0.03280.038411.209127.9578-19.2341
66.0409-1.99731.70054.5692-2.94426.0229-0.09930.1842-0.2831-0.0041-0.01920.00160.37310.29350.11850.1184-0.04460.07360.0771-0.04690.07191.226918.7888-18.5805
75.56190.06082.80763.121-1.523310.6066-0.16310.1439-0.07-0.12160.14170.231-0.1254-0.39680.02140.0609-0.03070.06060.0424-0.03550.1178-12.401721.0487-15.0679
84.4183-0.33633.35032.13960.67768.4769-0.0212-0.1082-0.01780.0585-0.02780.1813-0.4102-0.28240.04910.07170.0020.06240.0144-0.01710.1007-17.280328.2202-4.8987
95.4338-1.28442.16433.69050.1585.91610.08620.03770.5578-0.1167-0.13540.1239-0.8296-0.20550.04910.28850.0750.08760.0867-0.00450.2037-22.34940.0903-5.413
100.485-0.99653.61622.4141-9.71841.4701-0.2667-0.3817-0.32430.43740.22460.3079-0.92290.52330.04210.74280.16330.60021.2770.65270.858811.787327.6718-6.6209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2B1992 - 2005
3X-RAY DIFFRACTION3A269 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4A310 - 344
5X-RAY DIFFRACTION5A47 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6A88 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7A129 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8A189 - 228
9X-RAY DIFFRACTION9A229 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10B2006 - 2013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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