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万見
- PDB-3ro0: Crystal structure of Bacillus amyloliquefaciens pyroglutamyl pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro0
タイトルCrystal structure of Bacillus amyloliquefaciens pyroglutamyl peptidase I and terpyridine platinum(II)
要素Pyrrolidone-carboxylate peptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase ...Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,2':6',2''-TERPYRIDINE PLATINUM(II) Chloride / Pyrrolidone-carboxylate peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lo, Y.-C. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2011
タイトル: Terpyridine platinum(II) complexes inhibit cysteine proteases by binding to active-site cysteine.
著者: Lo, Y.-C. / Su, W.-C. / Ko, T.-P. / Wang, N.-C. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
C: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
D: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8269
ポリマ－97,5074
非ポリマー2,3195
水17,258958
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.320, 45.520, 67.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

21D-958-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Pyrrolidone-carboxylate peptidase / 5-oxoprolyl-peptidase / Pyroglutamyl-peptidase I / PGP-I / Pyrase


分子量: 24376.689 Da / 分子数: 4 / 変異: M58I, A202V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
株: ATCC49763; RUB 500 / 遺伝子: pcp / プラスミド: pET-23(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46107, pyroglutamyl-peptidase I
#2: 化合物
ChemComp-TPT / 2,2':6',2''-TERPYRIDINE PLATINUM(II) Chloride


分子量: 463.799 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClN3Pt
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 958 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 142153 / Num. obs: 123673 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6118 / % possible all: 43.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RNZ

3rnz


解像度: 1.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 5971 -RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.18 118603 --
obs0.18 112632 83.1 %-
溶媒の処理Bsol: 51.1062 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 20.5411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.544 Å20 Å20.217 Å2
2---5.733 Å20 Å2
3---3.189 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6345 0 95 958 7398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3272.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 258 -
Rwork0.26 --
obs-4774 35.48 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3tpt.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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