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- PDB-3rny: Crystal structure of human RSK1 C-terminal kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rny
タイトルCrystal structure of human RSK1 C-terminal kinase domain
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / hepatocyte proliferation / CREB phosphorylation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / negative regulation of TOR signaling ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / hepatocyte proliferation / CREB phosphorylation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / negative regulation of TOR signaling / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of cell differentiation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, D. / Fu, T.-M. / Nan, J. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the autoinhibition of the C-terminal kinase domain of human RSK1.
著者: Li, D. / Fu, T.M. / Nan, J. / Liu, C. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2011年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6914
ポリマ－77,6452
非ポリマー462
水77543
1
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8452
ポリマ－38,8221
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8452
ポリマ－38,8221
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.860, 143.470, 59.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 / S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90-RSK 1 / p90RSK1 / p90S6K / MAP kinase- ...S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90-RSK 1 / p90RSK1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase 1a / MAPK-activated protein kinase 1a / MAPKAP kinase 1a / MAPKAPK-1a / Ribosomal S6 kinase 1 / RSK-1


分子量: 38822.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 411-735 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA1, MAPKAPK1A, RSK1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q15418, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 17.1%(w/v) PEG 3350, 4%(v/v) acetonitrile or 18%(w/v) PEG 3350, 100 mM ammonium formate, 4%(v/v) acetonitrile, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25637 / Biso Wilson estimate: 52.84 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QR7

2qr7


解像度: 2.7→11.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8352 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 921 5.16 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1908 17838 --
原子変位パラメータBiso max: 146.71 Å2 / Biso mean: 46.3016 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0177 Å20 Å2-4.4894 Å2
2---10.634 Å20 Å2
3---17.6517 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.354 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→11.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 0 2 43 4062
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes600HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4098HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion557SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4530SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4098HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5568HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.16
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 160 5.42 %
Rwork0.2155 2790 -
all0.2182 2950 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.2556-0.1192.71190.659-1.276610.5826-0.0769-0.0339-0.1028-0.3453-0.3588-0.02260.13820.00110.43570.14510.03450.0441-0.166-0.07070.277310.0678-2.5552-11.0971
20.09080.61430.07934.5784-0.88164.16310.00350.3528-0.0059-0.9202-0.11470.05870.5118-0.32830.1112-0.045-0.0319-0.0091-0.0676-0.07780.23276.396-1.9407-0.7232
31.3170.3049-0.81824.6381.06680.94560.01140.3381-0.3598-0.27690.0006-0.55460.2101-0.1034-0.012-0.3626-0.0018-0.0337-0.3467-0.02880.11076.79180.18749.1904
411.08120.99631.490315.9189-4.04150.188-0.0154-0.23120.0501-0.125-0.1552-0.33520.146-0.01640.1706-0.2584-0.0016-0.0817-0.3728-0.08660.635717.4688-19.195713.3561
53.73250.6240.66870-0.18420.0970.065-0.1528-0.03340.05390.0887-0.3451-0.03440.1946-0.1538-0.2545-0.0257-0.0294-0.1867-0.04840.112219.90659.61118.2407
60.25621.306-1.35715.1348-0.7991.77090.0708-0.6117-0.17450.8592-0.2877-0.38270.35690.12190.2169-0.152-0.0831-0.1746-0.06720.03860.33812.72252.384925.9221
70.16022.49474.84530-5.38429.730.0432-0.199-0.08410.3575-0.20790.1001-0.1364-0.0480.1647-0.2319-0.1567-0.0203-0.04990.01490.33540.13863.421924.8755
80.86671.56130.47940.46181.14413.29540.15970.52470.19160.0513-0.05550.0686-0.22010.2059-0.1042-0.1988-0.0417-0.049-0.12490.0110.239315.201813.004811.832
90.443-6.43322.087.0791.10267.1520.06750.4194-0.10780.0488-0.0445-0.00470.19230.7505-0.0230.00330.1232-0.0312-0.0746-0.0977-0.20976.2867-44.2044-8.9671
100.06161.3417-0.5210-3.50824.28150.03470.0936-0.22860.0036-0.07880.22610.1422-0.07540.04410.36960.0967-0.13610.034-0.03880.1375-5.4424-31.3734-3.1343
111.8672-1.60492.1353.44460.11131.80410.15690.60490.1218-0.6507-0.2552-0.1919-0.31850.44130.0983-0.15050.0315-0.0315-0.0322-0.00610.1057.445-41.13736.1033
12-0.08662.40830.81495.33260.18251.6163-0.09980.23750.5694-0.27380.0360.4428-0.08290.13110.0638-0.21810.0032-0.0766-0.25290.05180.18293.5323-33.70829.6786
130.6161-1.10870.65125.7073-6.68163.82570.0062-0.19620.35510.17580.16990.6752-0.0708-0.2826-0.1761-0.2030.0345-0.071-0.1384-0.01210.3945-1.5439-34.791119.6047
147.5246-1.2191.16990-1.80450.15960.2427-0.5976-0.25710.1891-0.3891-0.2861-0.0774-0.37570.1464-0.1529-0.019-0.0436-0.04770.01580.2494-12.0417-49.264921.8123
155.70422.4769-0.086710.4038-2.09433.50520.2473-0.76530.27580.5448-0.37650.1824-0.1061-0.22610.1292-0.1635-0.00370.0073-0.0583-0.07450.00942.698-41.240729.056
163.20111.07010.47631.7565-0.73391.67750.07080.048-0.11950.1151-0.0890.18150.259-0.3030.0182-0.2070.0075-0.0376-0.1916-0.06570.23220.6771-50.201318.7422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|418 - 459}A418 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2{A|460 - 504}A460 - 504
3X-RAY DIFFRACTION3{A|505 - 564}A505 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4{A|565 - 592}A565 - 592
5X-RAY DIFFRACTION5{A|593 - 642}A593 - 642
6X-RAY DIFFRACTION6{A|643 - 669}A643 - 669
7X-RAY DIFFRACTION7{A|670 - 680}A670 - 680
8X-RAY DIFFRACTION8{A|681 - 707}A681 - 707
9X-RAY DIFFRACTION9{B|419 - 447}B419 - 447
10X-RAY DIFFRACTION10{B|448 - 461}B448 - 461
11X-RAY DIFFRACTION11{B|462 - 520}B462 - 520
12X-RAY DIFFRACTION12{B|521 - 572}B521 - 572
13X-RAY DIFFRACTION13{B|573 - 609}B573 - 609
14X-RAY DIFFRACTION14{B|610 - 635}B610 - 635
15X-RAY DIFFRACTION15{B|636 - 676}B636 - 676
16X-RAY DIFFRACTION16{B|677 - 708}B677 - 708

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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