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- PDB-3rnj: Crystal structure of the SH3 domain from IRSp53 (BAIAP2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rnj
タイトルCrystal structure of the SH3 domain from IRSp53 (BAIAP2)
要素Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Beta barrel / Protein interaction domain / Proline-rich motifs
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection branch point / dendritic spine cytoplasm / actin crosslink formation / plasma membrane organization / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cytoskeletal anchor activity / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to synapse / cellular response to L-glutamate ...neuron projection branch point / dendritic spine cytoplasm / actin crosslink formation / plasma membrane organization / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cytoskeletal anchor activity / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to synapse / cellular response to L-glutamate / neuron projection terminus / proline-rich region binding / positive regulation of actin filament polymerization / dendrite development / actin filament bundle assembly / CDC42 GTPase cycle / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / postsynaptic density, intracellular component / presynaptic cytosol / ruffle / RAC1 GTPase cycle / cellular response to epidermal growth factor stimulus / axonogenesis / dendritic shaft / secretory granule / transcription coregulator binding / PDZ domain binding / filopodium / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / synaptic membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of synaptic plasticity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / insulin receptor signaling pathway / lamellipodium / regulation of cell shape / scaffold protein binding / microtubule / neuronal cell body / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
I-BAR domain containing protein IRSp53 / IRSp53, SH3 domain / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains ...I-BAR domain containing protein IRSp53 / IRSp53, SH3 domain / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDT / ISOPROPYL ALCOHOL / BAR/IMD domain-containing adapter protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Simister, P.C. / Barilari, M. / Muniz, J.R.C. / Dente, L. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Raynor, J. ...Simister, P.C. / Barilari, M. / Muniz, J.R.C. / Dente, L. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Tregubova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Feller, S.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the SH3 domain from IRSp53 (BAIAP2)
著者: Simister, P.C. / Barilari, M. / Muniz, J.R.C. / Dente, L. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Tregubova, A. / Arrowsmith, C.H. / M ...著者: Simister, P.C. / Barilari, M. / Muniz, J.R.C. / Dente, L. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Tregubova, A. / Arrowsmith, C.H. / M Edwards, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Feller, S.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2011年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0516
ポリマ－7,5131
非ポリマー5395
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.960, 36.640, 58.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2 / BAI-associated protein 2 / BAI1-associated protein 2 / Protein BAP2 / Fas ligand-associated factor ...BAI-associated protein 2 / BAI1-associated protein 2 / Protein BAP2 / Fas ligand-associated factor 3 / FLAF3 / Insulin receptor substrate p53/p58 / IRS-58 / IRSp53/58 / Insulin receptor substrate protein of 53 kDa / IRSp53 / Insulin receptor substrate p53


分子量: 7512.523 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain, UNP residues 375-436 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAIAP2 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UQB8
#2: 化合物 ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA


分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O8
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月27日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→31 Å / Num. all: 10736 / Num. obs: 10716 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 408 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BG5, 1Y6E, 1GNE, 1DUG and 3QMZ

1bg5

1y6e

1gne

1dug

3qmz


解像度: 1.5→23.2 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 536 5.01 %Random
Rwork0.197 ---
all0.198 10716 --
obs0.198 10700 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.011 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1656 Å2-0 Å20 Å2
2---7.8872 Å2-0 Å2
3---12.0528 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数530 0 36 86 652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.944813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.548243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.6510.38541310.33112472X-RAY DIFFRACTION100
1.651-1.88980.24241320.22462506X-RAY DIFFRACTION100
1.8898-2.38050.21411330.18132528X-RAY DIFFRACTION100
2.3805-23.19620.17451400.16522658X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05450.0774-0.05460.1106-0.07780.0550.05810.02930.0149-0.0601-0.0528-0.02960.0054-0.0044-0.01040.1268-0.06760.0020.14450.0583-0.004222.0209-4.596817.0634
20.1794-0.05990.04090.336-0.00050.1893-0.0538-0.0056-0.00920.00780.02010.0382-0.0109-0.03850.00930.0785-0.0087-0.00520.071-0.00410.070110.6821.9543-1.3668
30.06420.0307-0.0140.02790.00850.06050.0359-0.036-0.00540.0385-0.0120.00040.0107-0.0372-0.00720.0169-0.0163-0.00520.0206-0.00370.042312.5152-1.17874.2267
40.33410.03470.06680.40160.0180.2573-0.0129-0.0399-0.0210.02350.0044-0.03420.0221-0.06510.00430.0270.00870.0040.00590.00140.036413.28342.9083.596
50.1897-0.00080.01590.3775-0.00650.1264-0.0182-0.0162-0.0348-0.01270.032-0.0879-0.0001-0.0247-0.0030.02360.0068-0.00330.01680.01050.06169.3937-1.00223.7239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 370:376)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 377:396)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 397:409)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 410:422)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 423:436)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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