+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rn0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the W199K-MauG/pre-Methylamine Dehydrogenase Complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | Oxidoreductase/electron transport / MauG / methylamine dehydrogenase / c-heme / quinone cofactor / ELECTRON TRANSPORT / Oxidoreductase-electron transport complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jensen, L.M.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutagenesis of tryptophan199 suggests that hopping is required for MauG-dependent tryptophan tryptophylquinone biosynthesis. 著者: Tarboush, N.A. / Jensen, L.M. / Yukl, E.T. / Geng, J. / Liu, A. / Wilmot, C.M. / Davidson, V.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 698.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 574 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 110.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 41089.602 Da / 分子数: 2 / 変異: W199K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 15025.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4733 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 42449.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 1193分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-HEC / #7: 化合物 | ChemComp-P6G / | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 化合物 | ChemComp-MES / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Drops contained 1uL protein with 2.5uL reservoir solution. Protein solution: 100uM W199K-MauG and 50uM preMADH in 10mM potassium phosphate, pH 7.5. Reservoir solution contained: 22% w/v PEG ...詳細: Drops contained 1uL protein with 2.5uL reservoir solution. Protein solution: 100uM W199K-MauG and 50uM preMADH in 10mM potassium phosphate, pH 7.5. Reservoir solution contained: 22% w/v PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M MES pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日 / 詳細: Biomorph mirrors (Kirkpatrick-Baez configuration) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03315 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 131689 / Num. obs: 116940 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6532 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 46.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3L4M 解像度: 1.91→39.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.263 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.985 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.58 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.91→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|