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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rms | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis | ||||||
![]() | uncharacterized protein | ||||||
![]() | Structural Genomics / unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / zinc binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis 著者: Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rmqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13022.452 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_20580 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 21748 / Num. obs: 21709 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3RMQ 解像度: 2.133→33.441 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogen atoms have been added at ridding positions
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.446 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.133→33.441 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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