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- PDB-3rms: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Sacc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rms
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis
要素uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Malonyl-[acyl-carrier protein] O-methyltransferase, zinc-finger motif / Helix Hairpins - #1650 / Putative zinc-finger containing protein / HC3 zinc-finger / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.133 Å
データ登録者Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis
著者: Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
C: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,81612
ポリマ－39,0673
非ポリマー7499
水1,20767
1
A: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1803
ポリマ－13,0221
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4566
ポリマ－13,0221
非ポリマー4345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1803
ポリマ－13,0221
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.630, 60.968, 73.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 13022.452 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_20580 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: C7MVX3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 21748 / Num. obs: 21709 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_610)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RMQ

3rmq


解像度: 2.133→33.441 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogen atoms have been added at ridding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 1107 5.1 %random
Rwork0.1767 ---
all0.1781 21687 --
obs0.1781 21687 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.446 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å22.6989 Å2
2--7.544 Å2-0 Å2
3---1.951 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.133→33.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 39 67 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2683648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.295954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1325-2.22960.28171180.24682414241493
2.2296-2.34710.26621400.227525862586100
2.3471-2.49410.25561380.225662566100
2.4941-2.68660.19521490.190225462546100
2.6866-2.95680.25851530.183526052605100
2.9568-3.38430.20031400.168626122612100
3.3843-4.26250.18431330.153925952595100
4.2625-33.4450.17421360.16782656265699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8672-2.70130.97522.0314-1.14183.84510.08360.1330.46080.0673-0.0317-0.3012-0.3692-0.15890.24390.26860.02110.04620.22110.0180.214-22.969812.9048-26.5224
28.71741.2677-1.44452.251-1.57362.140.10611.24870.51010.00110.41580.7184-0.239-1.0098-0.23790.29130.06530.00750.40690.17270.4274-29.213712.329-31.1447
37.79092.5143-2.493.9752-3.35642.8941-0.10390.3269-0.05250.06870.04640.2388-0.0227-0.2939-0.02840.2110.0004-0.00170.23490.00050.202-29.62721.8563-23.4348
46.5528-2.21251.34433.4422-1.53314.6477-0.29060.09910.5450.03020.3014-0.7640.18841.2767-0.06610.26250.01470.0080.5247-0.05640.4166-8.58769.8958-30.3168
54.7242-0.6527-1.95345.5151-2.38056.8802-0.42270.2374-0.4211-0.47160.72580.7190.5531-0.3698-0.00950.3968-0.04530.04520.360.01280.2958-12.90145.7304-39.1947
62.2343-2.2729-0.14182.5423-0.28921.7885-0.3570.0735-0.1017-0.5080.4807-0.5483-0.17040.199-0.08310.34330.00210.11240.464-0.02570.3986-6.54396.4318-43.3828
73.6506-1.52942.97745.9147-1.65293.78160.0282-0.2774-0.02380.37960.0864-0.07670.0423-0.21210.0420.24750.00450.03070.21370.03380.2185-6.65333.7985-8.0713
88.4556-1.6816-0.56164.28520.75120.14090.1183-0.6812-0.4630.7864-0.19310.55510.4269-1.72920.09310.575-0.10880.10980.69370.03140.319-16.3472.2003-3.9118
92.99480.35543.0752.59461.10666.6843-0.0733-0.37640.31210.0396-0.02440.2974-0.3809-0.67910.0750.22430.03040.0090.28750.01370.1755-13.73728.6437-12.3891
105.1111.5805-0.02173.86940.52493.50510.09390.1568-0.74070.0381-0.0208-1.1089-0.04860.7080.09690.2568-0.0068-0.05930.3981-0.0080.54095.5449.2594-7.1737
113.68262.6646-0.76036.87721.30523.962-0.09410.15590.5165-0.70820.1265-0.7814-0.63740.09410.12390.4484-0.0456-0.02010.2989-0.09310.42062.8118.7464-8.5202
122.90521.3458-0.63081.28281.21433.57780.4938-0.3512-0.15580.9646-0.084-0.7795-0.1590.37111.09830.686-0.0862-0.25020.2891-0.10230.62045.990821.0385-2.0701
134.05962.75512.68298.44751.1711.83760.24671.6477-0.4962-0.71030.1487-1.2437-0.0560.32680.63090.37420.15840.09610.7382-0.05780.3776-31.8935-7.7989-30.2669
144.6378-0.6421-1.30252.82470.44440.99750.0950.3858-0.0882-0.0034-0.0859-0.05880.0489-0.18860.07420.23930.0071-0.02140.2792-0.02920.2262-38.9469-7.9234-22.782
153.6334-1.5642-1.45174.6580.84821.2492-0.21990.6058-0.80340.3009-0.14421.07610.1378-0.3920.12040.2684-0.02170.02590.2802-0.08740.4181-45.2232-9.7703-19.6797
163.739-2.3185-0.65823.11080.42.13010.0447-0.1098-0.0154-0.24680.0429-0.03880.0240.1899-0.02750.2234-0.00950.02220.2386-0.02590.2311-32.6598-4.9198-18.4628
173.79150.90940.52575.6175-0.30245.5229-0.1519-0.22030.39170.8789-0.0993-0.3385-0.25620.5315-0.00050.37760.0437-0.05160.39340.04110.3321-24.1635-11.8121-11.5934
183.1566-0.05981.6756.74980.74985.74490.26530.6227-0.12020.5557-0.24-0.21511.21850.7725-0.09090.39930.1710.0150.42850.09650.3262-21.993-19.1961-12.03
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 23:39)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 40:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 55:77)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 78:95)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 96:110)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:19)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 20:27)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 28:54)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 55:74)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 75:92)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 93:110)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 2:4)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 5:22)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 23:43)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 44:70)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 71:92)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 93:109)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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