PDB-3rmi: Crystal structure of Chorismate mutase from Bartonella henselae s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rmi

タイトル

Crystal structure of Chorismate mutase from Bartonella henselae str. Houston-1 in complex with malate

要素

Chorismate mutase protein

キーワード

ISOMERASE / Emerald BioStructures / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Chorismate mutase from Bartonella henselae str. Houston-1 in complex with malate
著者: Gardberg, A. / Edwards, T. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2011年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rmi.cif.gz	58.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rmi.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rmi_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rmi_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	3rmi_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	3rmi_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d8eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e6d-d 3r4r-2 5uvr-2 3nkb-d 2qcw-d 5i0x-d 4ezv-5 4i0c-2 1bl0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.00146.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chorismate mutase protein

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chorismate mutase protein

ヘテロ分子

A: Chorismate mutase protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.320, 71.320, 145.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	Chorismate mutase protein 分子量: 13456.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: Houston-1 / 遺伝子: tyrA, BH16030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6G5B4, UniProt: A0A0H3LYP5*PLUS, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Internal tracking number 218208F3. INDEX screen condition F3: 5% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG-MME 5000. BaheA.00146.a.A1 PS00787 at 51.1 mg/ml., vapor diffusion, sitting ...詳細: Internal tracking number 218208F3. INDEX screen condition F3: 5% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG-MME 5000. BaheA.00146.a.A1 PS00787 at 51.1 mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Internal tracking number 218208F3. INDEX screen condition F3: 5% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG-MME 5000. BaheA.00146.a.A1 PS00787 at 51.1 mg/ml., vapor diffusion, sitting ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→19.8 Å / Num. all: 9173 / Num. obs: 9071 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.213 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46		8.3	0.439	5.6	5464	663	659	99.4
2.46-2.53			0.373	6.4	5070		617	99
2.53-2.6			0.274	8.3	4993		612	98.9
2.6-2.68			0.243	9.2	4980		609	99.5
2.68-2.77			0.173	11.9	4801		587	99
2.77-2.87			0.143	14.9	4617		566	99.3
2.87-2.98			0.112	17.3	4440		554	99.6
2.98-3.1			0.079	21	4295		535	99.6
3.1-3.24			0.071	24.2	4128		515	99.6
3.24-3.39			0.053	31	3847		483	99.6
3.39-3.58			0.045	36.4	3683		475	99.8
3.58-3.79			0.037	43.3	3386		442	99.8
3.79-4.06			0.035	45.8	3217		427	99.5
4.06-4.38			0.03	53.2	2950		397	99.2
4.38-4.8			0.029	54.7	2684		371	99.5
4.8-5.37			0.029	53.2	2397		342	99.7
5.37-6.2			0.032	50	2079		303	99
6.2-7.59			0.023	55.2	1839		265	99.6
7.59-10.73			0.018	56.5	1384		211	95.9
	10.73		0.02	55.9	549		101	71.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.81 Å
Translation	2.5 Å	19.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2d8e

2d8e

解像度: 2.4→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 13.249 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	434	4.8 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	9024	98.68 %	-
all	-	9173	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.732 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.23 Å²	1.62 Å²	0 Å²
2-	-	3.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	838	0	19	23	880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.974	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	3	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.911	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.045	23.571	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.736	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.471	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.61	1.5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	1.5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.259	2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.104	3	344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.508	4.5	329

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	36	-
R_work	0.305	605	-
all	-	641	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7023	-0.3067	-5.0296	1.8637	5.8501	23.9269	-0.1705	0.2314	-0.0338	-0.5971	0.1853	-0.0589	-0.0805	1.0095	-0.0148	0.468	0.1847	0.0763	0.2344	-0.0211	0.1956	22.7913	22.441	-44.7848
2	2.9716	-0.0478	-2.2571	1.1731	-0.475	9.0261	-0.1396	-0.6465	-0.1845	0.185	-0.073	-0.054	0.0972	0.4103	0.2126	0.0915	0.0749	0.004	0.257	0.018	0.1281	14.9509	22.7511	-11.3965
3	3.5389	-0.2836	0.0216	2.3418	-0.523	8.9521	-0.05	-0.154	-0.1874	0.0717	-0.0426	0.2055	0.6474	-0.5867	0.0927	0.0618	-0.0185	0.0556	0.2217	-0.0061	0.1716	4.4389	20.6628	-15.6844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	47 - 103

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関連情報:EMDBヘッダ

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