PDB-3rm3: Crystal structure of monoacylglycerol lipase from Bacillus sp. H257

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rm3

タイトル

Crystal structure of monoacylglycerol lipase from Bacillus sp. H257

要素

Thermostable monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Rengachari, S. / Bezerra, G.A. / Gruber, K. / Oberer, M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: The structure of monoacylglycerol lipase from Bacillus sp. H257 reveals unexpected conservation of the cap architecture between bacterial and human enzymes.
著者: Rengachari, S. / Bezerra, G.A. / Riegler-Berket, L. / Gruber, C.C. / Sturm, C. / Taschler, U. / Boeszoermenyi, A. / Dreveny, I. / Zimmermann, R. / Gruber, K. / Oberer, M.

履歴

登録	2011年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rm3.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rm3.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rliC 1r1dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ke6-3 4kea-4 4ke9-3 4ke9-4 4f6z-d 4kea-3 4ke7-1 4ke8-4 4ke6-2 4kea-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.150, 71.210, 43.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP 分子量: 29560.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H257 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, and 0.02 M of monosaccharides (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fuctose, D-xylose, and N-acetyl-D- ...詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, and 0.02 M of monosaccharides (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fuctose, D-xylose, and N-acetyl-D-glucosamine), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.14 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, and 0.02 M of monosaccharides (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fuctose, D-xylose, and N-acetyl-D- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月3日

放射

モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 5.2 / 数: 249649 / R_sym value: 0.065 / D res high: 1.2 Å / D res low: 40.566 Å / Num. obs: 67545 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
3.79	17.72	96.6	1	0.048	0.048	3.6
2.68	3.79	100	1	0.049	0.049	3.8
2.19	2.68	100	1	0.059	0.059	3.8
1.9	2.19	100	1	0.064	0.064	3.8
1.7	1.9	100	1	0.071	0.071	3.8
1.55	1.7	100	1	0.091	0.091	3.7
1.43	1.55	100	1	0.131	0.131	3.7
1.34	1.43	100	1	0.191	0.191	3.7
1.26	1.34	99.9	1	0.252	0.252	3.6
1.2	1.26	99.8	1	0.346	0.346	3.6

反射

解像度: 1.2→40.566 Å / Num. all: 67545 / Num. obs: 67545 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.26	3.6	0.346	2.2	0.346	1	99.8
1.26-1.34	3.6	0.252	3	0.252	1	99.9
1.34-1.43	3.7	0.191	3.9	0.191	1	100
1.43-1.55	3.7	0.131	5.5	0.131	1	100
1.55-1.7	3.7	0.091	7.4	0.091	1	100
1.7-1.9	3.8	0.071	9	0.071	1	100
1.9-2.19	3.8	0.064	9.1	0.064	1	100
2.19-2.68	3.8	0.059	9.9	0.059	1	100
2.68-3.79	3.8	0.049	10.6	0.049	1	100
3.79-17.723	3.6	0.048	11.4	0.048	1	96.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R1D

1r1d

解像度: 1.2→17.723 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1579	3417	5.06 %
R_work	0.1346	-	-
obs	0.1358	67516	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 82.847 Å² / k_sol: 0.446 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0477 Å²	0 Å²	0.0226 Å²
2-	-	0.0221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.0697 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→17.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1900	0	8	234	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.191	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.81	735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2171	0.2345	155	0.2152	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2171-1.2353	0.2042	128	0.1926	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2353-1.2546	0.2064	124	0.1792	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2546-1.2752	0.1889	147	0.156	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2752-1.2971	0.1713	160	0.1516	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2971-1.3207	0.1834	131	0.1374	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3207-1.3461	0.1668	129	0.1228	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3461-1.3736	0.1547	157	0.1218	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3736-1.4034	0.2045	146	0.1162	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4034-1.4361	0.1396	146	0.1087	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4361-1.472	0.117	131	0.1015	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.472-1.5118	0.1502	164	0.0927	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5118-1.5562	0.1239	145	0.0972	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5562-1.6064	0.1279	139	0.0943	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6064-1.6638	0.1323	140	0.0939	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6638-1.7303	0.1376	128	0.1019	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7303-1.809	0.1267	133	0.1067	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.809-1.9043	0.1432	140	0.1198	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9043-2.0235	0.1591	166	0.1288	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0235-2.1794	0.1611	140	0.1313	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1794-2.3983	0.1352	159	0.1288	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3983-2.7442	0.1588	129	0.1455	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7442-3.4532	0.1627	146	0.1523	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4532-17.7251	0.1777	134	0.1603	2690	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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