PDB-3rlv: Crystal structure of the mutant Y206F of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rlv

タイトル

Crystal structure of the mutant Y206F of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel fold / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.421 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rlv.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rlv.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rlv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rlv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3rlv_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	3rlv_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lld-d 3g1h-2 3g1h-4 3g1f-4 3ltp-d 3nqm-1 3g22-d 3siz-d 3p5z-d 1xbx-d 3nqg-d 4fx6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.625, 63.413, 61.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24868.697 Da / 分子数: 2 / 変異: Y206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.421→41.126 Å / Num. all: 76776 / Num. obs: 76776 / % possible obs: 98.91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.421→41.126 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1935	3856	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1723	-	-	-
obs	0.1734	76776	98.91 %	-
all	-	76776	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.963 Å² / k_sol: 0.394 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3108 Å²	-0 Å²	-3.1273 Å²
2-	-	3.5083 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1975 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.421→41.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3321	0	50	347	3718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.069	4715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.789	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	623

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4208-1.4382	0.3273	111	0.3181	2196	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4382-1.4564	0.321	126	0.3082	2449	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4564-1.4755	0.3091	140	0.2801	2538	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4755-1.4958	0.301	127	0.2546	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4958-1.5171	0.2203	121	0.2365	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5171-1.5398	0.2503	119	0.228	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5398-1.5638	0.2454	151	0.2109	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5638-1.5895	0.2289	143	0.1993	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5895-1.6169	0.2208	140	0.1905	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6169-1.6463	0.2152	145	0.1811	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6463-1.6779	0.2246	126	0.1803	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.7122	0.1975	131	0.1708	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7122-1.7494	0.2212	144	0.178	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7494-1.7901	0.2228	135	0.1769	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7901-1.8349	0.1824	151	0.1738	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8349-1.8845	0.1916	147	0.1681	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8845-1.94	0.1948	134	0.1661	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.0026	0.1982	150	0.163	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0026-2.0741	0.1769	145	0.1691	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0741-2.1572	0.1776	136	0.172	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1572-2.2553	0.1976	143	0.1657	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2553-2.3742	0.1774	139	0.1635	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3742-2.523	0.1805	134	0.1659	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.7177	0.1761	152	0.1647	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7177-2.9912	0.1873	142	0.1786	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9912-3.4238	0.1978	142	0.1671	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4238-4.3129	0.1651	129	0.1417	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3129-41.1434	0.1786	153	0.1617	2678	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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