[日本語] English
万見
- PDB-3rln: Structural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Re... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rln
タイトルStructural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Receptors
要素Gamma-interferon-inducible protein 16
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HIN200/OB fold/DNA binding / cytosolic DNA sensor/DNA binding / DNA / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / negative regulation of DNA binding / STING mediated induction of host immune responses / myeloid cell differentiation / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / monocyte differentiation ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / negative regulation of DNA binding / STING mediated induction of host immune responses / myeloid cell differentiation / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / monocyte differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / cellular response to glucose starvation / cellular response to ionizing radiation / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / autophagy / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / regulation of autophagy / nuclear speck / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-interferon-inducible protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Jin, T.C. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Structures of the HIN Domain:DNA Complexes Reveal Ligand Binding and Activation Mechanisms of the AIM2 Inflammasome and IFI16 Receptor.
著者: Jin, T. / Perry, A. / Jiang, J. / Smith, P. / Curry, J.A. / Unterholzner, L. / Jiang, Z. / Horvath, G. / Rathinam, V.A. / Johnstone, R.W. / Hornung, V. / Latz, E. / Bowie, A.G. / Fitzgerald, K.A. / Xiao, T.S.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4091
ポリマ－22,4091
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.673, 128.673, 67.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-12-

HOH

21A-51-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-interferon-inducible protein 16 / Ifi-16 / Interferon-inducible myeloid differentiation transcriptional activator


分子量: 22408.717 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 571-766 / 変異: K663A, R667A, N710A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16, IFNGIP1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16666
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M KCl, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 10327 / Num. obs: 10296 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 23.48
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 499 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_723)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3RLO

3rlo


解像度: 2.251→37.145 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 496 4.83 %random
Rwork0.1773 ---
all0.1798 10327 --
obs0.1798 10296 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.301 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.3399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→37.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 0 86 1576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1242069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.771574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2505-2.4770.34581230.25692391X-RAY DIFFRACTION99
2.477-2.83530.28911190.21342428X-RAY DIFFRACTION100
2.8353-3.57170.25771230.17452445X-RAY DIFFRACTION100
3.5717-37.14970.1811310.15472506X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9388-2.9292-0.99814.08341.37931.2162-0.2243-0.27320.37810.48160.01930.87560.1602-0.0992-0.0710.27360.1654-0.04490.1632-0.33610.99795.168713.02221.0855
22.8427-1.7553-1.89836.49052.4574.0201-0.31210.05330.4214-0.41650.09380.37270.19750.48350.14350.3489-0.0399-0.00170.34960.02570.259525.38667.030110.9586
36.7365-1.6814-2.1325.85731.13735.6342-0.2578-0.61691.02280.1422-0.15570.13660.1295-0.3999-0.0550.1637-0.0211-0.06210.3013-0.16580.458713.565812.145819.1073
46.2243-1.655-0.8576.92581.07794.1833-0.0495-0.19041.1483-0.3026-0.02280.36820.1359-0.25940.05210.1558-0.0213-0.01860.264-0.04160.389212.76411.269916.3833
53.1522-0.4565-0.58216.0019-0.51862.6470.0213-0.19941.2962-0.3397-0.15930.799-0.2004-0.17210.12890.2239-0.0241-0.08210.262-0.05310.60395.725513.096216.4428
67.15352.7342.74036.33591.15716.59780.0384-1.5022-0.26870.74050.36360.33130.5522-0.00280.060.24510.04220.05530.54570.03390.266114.58083.309824.1759
75.52810.4211-0.24566.85661.62445.52670.09770.0761-0.1066-0.2547-0.14690.45180.4122-0.26610.13450.2106-0.0489-0.00410.2110.04750.24649.58593.052814.119
80.2029-0.14620.4181.2175-1.72082.66960.222-0.61981.9918-0.0455-0.64411.4152-1.6359-1.80280.56160.56640.3723-0.16160.8129-0.11.3476-2.91817.172713.1205
97.0232-5.3594-1.00046.55860.2014.53680.36850.6897-0.435-0.4138-0.39211.149-0.1683-0.61010.45070.60910.229-0.11441.1406-0.71511.8399-1.421421.893822.2654
100.6009-0.81091.24321.2015-1.92553.13510.11490.01611.0293-0.3554-0.72720.8655-0.1707-0.18810.61940.38660.0718-0.06720.7116-0.43231.129111.045822.96628.8595
115.22580.3552-1.05414.3675-0.77.0068-0.2269-1.780.21641.14480.27280.33850.2399-0.2827-0.31420.42560.01070.03440.7954-0.01780.329926.327615.614837.3835
124.2398-0.46030.86292.4088-0.72247.8667-0.1969-1.2064-0.3060.47520.60580.63850.5475-0.9214-0.36720.391-0.0587-0.0420.73130.15650.294722.91058.955631.2144
135.6888-1.4231-1.78175.002-2.0912.65660.3557-1.41131.25320.14730.158-0.2471-0.58370.6431-0.2960.2656-0.04120.0310.4972-0.19850.406834.310222.020228.5566
142.2738-1.4371-1.74523.6110.2033.21420.1602-0.60230.24910.01880.0845-0.8590.52071.0112-0.09390.24310.1207-0.00430.4721-0.05450.321444.042811.325523.0687
155.0954-1.9552-2.78015.05920.55342.2971-0.0048-0.85560.40360.2347-0.0679-0.07410.61770.3769-0.05620.24110.0295-0.07790.4849-0.01990.320939.577612.771625.9665
164.7999-2.5629-3.43945.0582.98963.1205-0.073-1.1160.85090.24270.4201-0.35270.17330.0721-0.14280.28930.0664-0.04010.6344-0.1440.304234.519116.619231.5553
178.6349-2.9031-5.3693.63550.4364.04490.19320.6050.1638-0.0535-0.11330.25240.4514-0.3337-0.24440.2602-0.0525-0.01830.4354-0.02730.259635.063111.519615.8279
183.71480.16942.19717.1432-0.02356.5501-0.1113-0.79960.27820.1975-0.0452-0.2006-0.0620.350.07940.15450.00010.02720.3919-0.00750.264932.105115.362326.679
192.89870.33141.95656.93511.01617.65240.0695-0.7172-0.42460.46340.3764-0.02690.59220.2807-0.18220.2190.030.01350.43580.10680.244630.08269.090926.5146
204.91771.8744-0.32362.29162.21837.2346-0.5617-0.13080.9501-0.75590.1314-0.2026-1.58760.82510.34170.5892-0.1598-0.03720.360.0130.513331.908125.904419.0752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 575:584)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 585:596)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 597:608)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 609:624)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 625:635)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 636:642)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 643:650)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 651:656)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 657:661)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 662:670)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 671:682)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 683:688)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 689:695)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 696:701)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 702:706)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 707:719)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 720:725)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 726:745)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 746:758)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 759:764)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る