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- PDB-3rl6: Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rl6
タイトルCrystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complexed with L-Asparagine and Adenosine monophosphate
要素Archaeal asparagine synthetase A
キーワードLIGASE / AMP and Asn binding / seven stranded antiparallel beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ASPARAGINE / AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blaise, M. / Frechin, M. / Charron, C. / Roy, H. / Sauter, C. / Lorber, B. / Olieric, V. / Kern, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Archaeal Asparagine Synthetase: Interrelation with Aspartyl-tRNA and Asparaginyl-tRNA Synthetases.
著者: Blaise, M. / Frechin, M. / Olieric, V. / Charron, C. / Sauter, C. / Lorber, B. / Roy, H. / Kern, D.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal asparagine synthetase A
B: Archaeal asparagine synthetase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2467
ポリマ－68,2632
非ポリマー9835
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.730, 60.900, 154.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Archaeal asparagine synthetase A / AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein


分子量: 34131.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5/Orsay / 遺伝子: asnS-like, PYRAB02460, PAB2356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V228
#2: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl pH7, 0.2M NaCl, 32% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 131111 / Num. obs: 37794 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→50 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.875 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1989 5.26 %random
Rwork0.1694 ---
all0.172 37791 --
obs0.172 37791 98.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.41 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9504 Å2-0 Å20 Å2
2---0.7664 Å20 Å2
3---6.3382 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4745 0 65 334 5144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0226655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5581881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.28331360.2132560X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10550.26751530.20392568X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16740.2651320.22563X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.24741450.18142534X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31730.19861380.17852540X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.41010.2271520.172558X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.51980.23091370.17642581X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65260.21011430.17712569X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.81880.24221410.16342581X-RAY DIFFRACTION99
2.8188-3.03640.21271430.1742553X-RAY DIFFRACTION99
3.0364-3.34190.23481400.17112546X-RAY DIFFRACTION98
3.3419-3.82530.21051420.15292550X-RAY DIFFRACTION97
3.8253-4.81880.20271420.14062545X-RAY DIFFRACTION96
4.8188-47.88890.18441450.16662554X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0651-0.0028-0.01920.0102-0.01470.10050.0184-0.00570.02770.03880.01460.0063-0.0347-0.01560.00270.0371-0.02150.04720.064-0.02390.0705-21.79676.859125.1055
20.0325-0.0288-0.0040.0307-0.02180.1142-0.01280.04960.0175-0.0256-0.0312-0.03460.05110.00340.020.0369-0.00090.01090.03250.01020.0442-16.4314-3.626.8909
30.0114-0.0158-0.01230.0525-0.02470.0814-0.0334-0.0208-0.0140.0004-0.023-0.07080.02490.0556-0.05160.03480.02260.00790.02660.04360.1319-9.574-4.79055.2118
40.0135-0.01740.00320.0336-0.00360.01380.00030.00440.02450.0091-0.0138-0.0125-0.0127-0.0086-0.0619-0.04980.00250.0163-0.03550.00290.0383-23.40256.275810.7801
50.0526-0.05890.01150.0724-0.00150.0174-0.0040.01040.0353-0.01080.002-0.0326-0.01980.00220.01030.05480.02110.00420.02950.02760.1011-27.336820.76315.2017
60.0654-0.02940.02570.0179-0.01940.0425-0.0275-0.00770.07130.0047-0.0121-0.0221-0.02880.0109-0.1115-0.01730.0253-0.0302-0.0210.02020.048-21.386415.16320.8597
70.0308-0.00270.01110.0609-0.03770.0334-0.00290.00230.009-0.0355-0.0199-0.03150.02430.0127-0.09420.00850.00580.0038-0.0126-0.00090.0031-15.40972.07314.5108
80.05360.0333-0.04770.0928-0.09510.1332-0.0413-0.0347-0.03460.018-0.0486-0.08660.05760.086-0.21270.0617-0.0430.02220.02480.060.0255-15.8447-7.764620.7817
90.05580.03750.02250.0240.0060.0162-0.0105-0.0585-0.02830.0258-0.0267-0.02260.09210.0003-0.02550.1509-0.03940.09110.07210.0702-0.0447-20.6101-13.479828.2504
100.0432-0.00950.02960.00590.00180.0655-0.0229-0.0164-0.02050.0306-0.0135-0.01970.03930.0181-0.09760.2501-0.0318-0.00880.15540.1420.1129-19.2493-25.520335.7862
110.08940.0862-0.00660.1376-0.01630.1996-0.0056-0.137-0.03940.0626-0.1433-0.16250.04210.1759-0.32940.1699-0.0532-0.0340.12990.19420.045-11.0999-13.441330.2997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:32)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 33:52)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 53:85)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 86:148)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 149:169)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 170:213)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 214:294)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 1:85)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 86:148)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 149:197)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 198:294)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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