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- PDB-3rha: The crystal structure of Oxidoreductase from Arthrobacter aurescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rha
タイトルThe crystal structure of Oxidoreductase from Arthrobacter aurescens
要素Putrescine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / ABM06930.1.
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine oxidase / putrescine oxidase activity
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putrescine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Zhang, Z. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Oxidoreductase from Arthrobacter aurescens
著者: Zhang, Z. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putrescine oxidase
B: Putrescine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7015
ポリマ－106,0342
非ポリマー1,6673
水17,655980
1
A: Putrescine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8052
ポリマ－53,0171
非ポリマー7881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putrescine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8973
ポリマ－53,0171
非ポリマー8802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.644, 117.905, 165.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putrescine oxidase


分子量: 53017.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア)
株: TC1 / 遺伝子: puo, AAur_0043 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)ripl / 参照: UniProt: A1R0W1, putrescine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M ammonium citrate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 77476 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 7456 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2C27

2c27


解像度: 2.052→49.986 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 3762 5.04 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.1594 74657 96.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.771 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6252 Å20 Å2-0 Å2
2--2.8095 Å20 Å2
3----6.4347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→49.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7000 0 112 980 8092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9329910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9822662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0523-2.07830.23761160.18332329X-RAY DIFFRACTION86
2.0783-2.10560.22561360.16622419X-RAY DIFFRACTION91
2.1056-2.13450.19381270.16632488X-RAY DIFFRACTION92
2.1345-2.1650.23081360.16062471X-RAY DIFFRACTION91
2.165-2.19730.21131250.16252471X-RAY DIFFRACTION93
2.1973-2.23160.22571480.15722548X-RAY DIFFRACTION94
2.2316-2.26820.19351440.15352509X-RAY DIFFRACTION94
2.2682-2.30730.18531340.15892579X-RAY DIFFRACTION95
2.3073-2.34930.22951200.15312533X-RAY DIFFRACTION95
2.3493-2.39450.20351410.14972609X-RAY DIFFRACTION95
2.3945-2.44330.20081520.16142572X-RAY DIFFRACTION96
2.4433-2.49650.20231210.15862626X-RAY DIFFRACTION96
2.4965-2.55450.19851300.16112603X-RAY DIFFRACTION97
2.5545-2.61840.231340.1662654X-RAY DIFFRACTION97
2.6184-2.68920.19731260.16852667X-RAY DIFFRACTION98
2.6892-2.76830.23621480.17322623X-RAY DIFFRACTION97
2.7683-2.85770.22151490.17512662X-RAY DIFFRACTION98
2.8577-2.95980.22771540.17442670X-RAY DIFFRACTION98
2.9598-3.07830.22261490.16952663X-RAY DIFFRACTION98
3.0783-3.21840.21621520.16662689X-RAY DIFFRACTION99
3.2184-3.3880.20341460.1532727X-RAY DIFFRACTION99
3.388-3.60020.15911470.14482728X-RAY DIFFRACTION99
3.6002-3.87810.16431510.13982732X-RAY DIFFRACTION100
3.8781-4.26820.13761360.13042769X-RAY DIFFRACTION100
4.2682-4.88530.14071350.12272797X-RAY DIFFRACTION100
4.8853-6.15320.16481440.15282822X-RAY DIFFRACTION100
6.1532-50.00030.19151610.16552935X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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