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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rh8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Light-state Dimer of Fungal Blue-Light Photoreceptor Vivid | ||||||
要素 | Vivid PAS protein VVD | ||||||
キーワード | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Light-state dimer / Photoreceptor / LOV PAS domain / Blue-light sensing / Transcription inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vaidya, A.T. / Crane, B.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2011 タイトル: Structure of a Light-Activated LOV Protein Dimer That Regulates Transcription. 著者: Vaidya, A.T. / Chen, C.H. / Dunlap, J.C. / Loros, J.J. / Crane, B.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rh8.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rh8.ent.gz | 55.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rh8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rh8_validation.pdf.gz | 975.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rh8_full_validation.pdf.gz | 992.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rh8_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rh8_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rh8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2pd7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16833.238 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 37-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: vvd, G17A4.050 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C3Y6 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 11-15% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH = 7.5 - 8.5), 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 8222 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry: 2PD7 解像度: 2.75→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 17.6372 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.78 Å2 / Biso mean: 41.6102 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / Num. reflection Rfree: 73 / Num. reflection obs: 787 | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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