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万見
- PDB-3rh8: Crystal Structure of the Light-state Dimer of Fungal Blue-Light P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rh8
タイトルCrystal Structure of the Light-state Dimer of Fungal Blue-Light Photoreceptor Vivid
要素Vivid PAS protein VVD
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Light-state dimer / Photoreceptor / LOV PAS domain / Blue-light sensing / Transcription inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vivid PAS protein VVD
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Vaidya, A.T. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Light-Activated LOV Protein Dimer That Regulates Transcription.
著者: Vaidya, A.T. / Chen, C.H. / Dunlap, J.C. / Loros, J.J. / Crane, B.R.
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Vivid PAS protein VVD
D: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2384
ポリマ－33,6662
非ポリマー1,5712
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.647, 77.473, 54.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vivid PAS protein VVD


分子量: 16833.238 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 37-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: vvd, G17A4.050 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C3Y6
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 11-15% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH = 7.5 - 8.5), 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 8222 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.853.60.57870.6197.9
2.85-2.963.80.4828150.886196.2
2.96-3.13.90.3778160.949198.8
3.1-3.263.90.2968091.102198.7
3.26-3.463.80.2588351.328198.7
3.46-3.733.90.1938141.52199.3
3.73-4.1140.1548321.737199.3
4.11-4.73.90.1178301.751199.3
4.7-5.923.90.1018251.61199.2
5.92-5040.088591.603199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry: 2PD7

2pd7


解像度: 2.75→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2874 815 10 %9.2%
Rwork0.2256 ---
obs-7563 93.2 %-
溶媒の処理Bsol: 17.6372 Å2
原子変位パラメータBiso max: 73.78 Å2 / Biso mean: 41.6102 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.338 Å20 Å2-6.709 Å2
2--3.692 Å20 Å2
3----19.029 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 106 68 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.098
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Num. reflection Rfree: 73 / Num. reflection obs: 787
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4fadx.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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