PDB-3rgc: The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rgc

タイトル

The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni

要素

Possible periplasmic protein

キーワード

CHAPERONE / PPIase

機能・相同性

機能・相同性情報

Triger factor/SurA peptide-binding fold / Porin chaperone SurA, peptide-binding domain / SurA N-terminal / SurA N-terminal domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kale, A. / Phansopa, C. / Suwannachart, C. / Craven, C.J. / Rafferty, J. / Kelly, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni
著者: Kale, A. / Phansopa, C. / Suwannachart, C. / Craven, C.J. / Rafferty, J. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2011年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rgc.cif.gz	197.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rgc.ent.gz	159.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rgc_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rgc_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	3rgc_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	3rgc_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rfw
類似構造データ	3vot-d 3d0x-d 4erj-d 5vnb-d 5il7-d 1z52-d 4erl-d 3c0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Possible periplasmic protein

B: Possible periplasmic protein

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.590, 94.610, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Possible periplasmic protein 分子量: 28954.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: Cj1289 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P8W8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 % / Mosaicity: 0.5 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M CHES pH 8.0, 25%(w/v) PEG 8000, 5% (w/v) sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9840, 0.9801, 0.9803, 0.9686

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.984	1
2	0.9801	1
3	0.9803	1
4	0.9686	1

Reflection

冗長度: 17.5 % / Av σ(I) over netI: 6.1 / 数: 263217 / R_sym value: 0.103 / D res high: 2.799 Å / D res low: 75.268 Å / Num. obs: 15074 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.86	75.27	99.9	1	0.044	0.044	15.4
6.26	8.86	100	1	0.059	0.059	15.5
5.11	6.26	100	1	0.109	0.109	16.7
4.43	5.11	100	1	0.066	0.066	17.2
3.96	4.43	100	1	0.066	0.066	17.6
3.62	3.96	100	1	0.091	0.091	17.7
3.35	3.62	100	1	0.132	0.132	17.9
3.13	3.35	100	1	0.219	0.219	18
2.95	3.13	100	1	0.325	0.325	18
2.8	2.95	100	1	0.492	0.492	17.9

反射

解像度: 2.3→62.3 Å / Num. all: 26871 / Num. obs: 26871 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.42	7.2	0.732	0.633	1.1	27851	3867	0.272	0.732	0.633	3.2	100
2.42-2.57	7.2	0.518	0.45	1.6	26354	3650	0.192	0.518	0.45	4.5	100
2.57-2.75	7.2	0.327	0.283	2.5	24865	3446	0.121	0.327	0.283	6.7	100
2.75-2.97	7.2	0.202	0.175	4.2	23040	3211	0.075	0.202	0.175	9.7	100
2.97-3.25	7.1	0.126	0.109	6.5	21136	2962	0.047	0.126	0.109	14.2	100
3.25-3.64	7.1	0.073	0.064	10.2	19072	2697	0.027	0.073	0.064	20.1	100
3.64-4.2	6.9	0.058	0.051	11.8	16711	2407	0.022	0.058	0.051	25.7	100
4.2-5.14	6.8	0.075	0.067	8.1	13934	2054	0.029	0.075	0.067	29.1	100
5.14-7.27	6.3	0.08	0.07	8	10269	1626	0.031	0.08	0.07	29.4	100
7.27-62.3	6.3	0.041	0.035	16.1	6000	951	0.016	0.041	0.035	36.9	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→52.032 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7931 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2778	1322	5.04 %
R_work	0.2235	-	-
obs	0.2264	26219	97.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.34 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.9 Å² / B_iso mean: 56.499 Å² / B_iso min: 9.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4212 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0382 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.617 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→52.032 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3803	0	0	99	3902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	5221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.276	1409

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3001-2.3921	0.3241	126	0.2597	2582	2708	92
2.3921-2.501	0.3253	135	0.257	2664	2799	95
2.501-2.6329	0.3154	146	0.2551	2705	2851	97
2.6329-2.7978	0.3208	138	0.2405	2739	2877	98
2.7978-3.0138	0.2745	159	0.2369	2713	2872	99
3.0138-3.3171	0.3068	163	0.2308	2807	2970	99
3.3171-3.7969	0.2909	149	0.2194	2837	2986	100
3.7969-4.7832	0.2318	145	0.1893	2860	3005	100
4.7832-52.0455	0.2635	161	0.2265	2990	3151	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4949	-0.2901	-0.2252	2.2264	-1.2938	0.9581	-0.0713	-0.1046	0.1324	0.2655	-0.0818	-0.1867	-0.1031	0.1337	0.13	0.1016	-0.0221	-0.0746	0.1033	-0.0235	0.0974	10.7779	3.8379	36.0205
2	0.4711	0.0293	0.365	0.9083	-0.1083	0.1821	0.165	-0.3028	-0.0895	0.2854	-0.14	0.1585	0.1583	-0.1083	-0.0234	0.2262	-0.0225	0.01	0.2967	0.0461	0.1904	13.2926	43.0261	52.4058
3	1.2516	1.3156	0.4195	1.8401	0.5268	0.0856	0.7637	-0.6492	-0.3541	0.6125	-0.6156	-0.3821	0.2305	-0.3021	-0.1963	0.5023	-0.1632	-0.2625	0.3358	0.2212	0.2754	19.4962	19.2066	49.8504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 21:254)	A	21 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 21:169)	B	21 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 170:255)	B	170 - 255

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