PDB-3vot: Crystal structure of L-amino acid ligase from Bacillus licheniformis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vot

タイトル

Crystal structure of L-amino acid ligase from Bacillus licheniformis

要素

L-amino acid ligase, BL00235

キーワード

LIGASE / ATP-GRASP MOTIF / ATP-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Suzuki, M. / Takahashi, Y. / Noguchi, A. / Arai, T. / Yagasaki, M. / Kino, K. / Saito, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of L-amino-acid ligase from Bacillus licheniformis
著者: Suzuki, M. / Takahashi, Y. / Noguchi, A. / Arai, T. / Yagasaki, M. / Kino, K. / Saito, J.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vot.cif.gz	351.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vot.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3keo-d 3cux-d 1s4d-6 5l90-2 1l4i-d 3vmm-d 4hl7-1 3wnz-d 1s4d-1 3s5c-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: L-amino acid ligase, BL00235

B: L-amino acid ligase, BL00235

ヘテロ分子

96.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-amino acid ligase, BL00235

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-amino acid ligase, BL00235

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.090, 90.030, 154.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	L-amino acid ligase, BL00235 分子量: 47629.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 株: NBRC 12200 / DSM 13 / ATCC14580 / 遺伝子: BL00235, BLi04240 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q65D11, EC: 6.3.2.28

#1: タンパク質

L-amino acid ligase, BL00235

分子量: 47629.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: NBRC 12200 / DSM 13 / ATCC14580 / 遺伝子: BL00235, BLi04240 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q65D11, EC: 6.3.2.28

-
非ポリマー , 5種, 646分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	Mosaicity (°)
1	2.13	42.15	0.421
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293.15	1	蒸気拡散法	6.5	100mM CaCl2, 24-27%(w/v) PEGMME 550, 4%(v/v) isopropanol in 100mM imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
293.15	2	蒸気拡散法	6.5	100mM CaCl2, 24-27%(w/v) PEGMME 550, 4%(v/v) isopropanol in 100 mM imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06SA	1	1
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	0.97920, 0.97970, 0.97200

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2008年9月24日
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2008年5月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9792	1
3	0.9797	1
4	0.972	1

Reflection

ID	数	R_merge(I) obs	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
1	724194	0.069	1.28	473597	57.7
2	704592	0.053	1.28	465777	57
3	736444	0.07	1.27	481775	57.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.71	3.82	49672	89.2	1	0.05
2.21	2.71	61830	86	1	0.081
1.92	2.21	69420	81.6	1	0.152
1.71	1.92	82304	85.3	1	0.329
1.56	1.71	87264	81.7	1	0.697
1.45	1.56	56998	49.2	1	1.052
1.35	1.45	30734	24.6	1	3.478
1.28	1.35	8648	6.5	1	15.831
2.71	3.83	50192	90.5	2	0.036
2.21	2.71	59848	83.4	2	0.062
1.92	2.21	65840	77.6	2	0.137
1.72	1.92	80076	83.2	2	0.259
1.57	1.72	86200	80.9	2	0.593
1.45	1.57	55602	48.1	2	1.132
1.36	1.45	31216	25.1	2	1.896
1.28	1.36	8972	6.8	2	3.251
2.69	3.8	51287	90.3	3	0.043
2.2	2.69	61962	84.3	3	0.082
1.9	2.2	66284	76.2	3	0.208
1.7	1.9	84872	86.1	3	0.484
1.55	1.7	89730	82.2	3	0.988
1.44	1.55	57881	48.8	3	2.273
1.35	1.44	32347	25.4	3	9.462
1.27	1.35	9239	6.8	3	28.653

反射

解像度: 1.8→30.01 Å / Num. obs: 73218 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 5.62 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.7066

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) all	Num. measured all	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.9	5.49	0.64	54145	9864	1,2	90.46
1.9-2.01	5.45	1.03	52019	9544	1,2	91.92
2.01-2.15	5.41	1.57	50156	9273	1,2	95.16
2.15-2.32	5.41	1.96	48262	8922	1,2	97.84
2.32-2.55	5.53	3.39	45993	8324	1,2	99.09
2.55-2.85	5.71	4.81	43305	7585	1,2	99.43
2.85-3.29	5.87	7.19	39717	6763	1,2	99.66
3.29-4.02	6.07	10.44	35007	5770	1,2	99.84
4.02-5.69	6.08	13.08	27725	4559	1,2	99.93
5.69-30.01	5.71	12.29	14924	2614	1,2	99.23

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.41 / 反射: 36328

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.972	4.62	-2.27
3 wavelength	1	2	0.9797	2.61	-11.26
3 wavelength	1	3	0.9792	6.09	-9.51

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	29.355	0.324	0.183	0.15	0.41
2	Se	14.431	0.494	0.266	0.21	0.507
3	Se	20.685	0.996	0.919	0.203	0.493
4	Se	31.596	0.149	0.002	0.147	0.324
5	Se	15.125	0.013	0.981	0.201	0.344
6	Se	2.506	0.451	0.205	0.209	0.22
7	Se	4.706	0.02	0.142	0.15	0.21
8	Se	15.828	0.439	0.044	0.143	0.243
9	Se	9.044	0.75	0.36	0.095	0.195
10	Se	20.347	0.737	0.826	0.085	0.316

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.33-50	0.5	1792
5.24-8.33	0.54	3052
4.09-5.24	0.48	3847
3.47-4.09	0.47	4513
3.06-3.47	0.44	5097
2.77-3.06	0.41	5554
2.55-2.77	0.35	6051
2.37-2.55	0.29	6422

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.7 / 反射: 98011 / Reflection acentric: 90752 / Reflection centric: 7259

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
4.6-48.64	0.96	0.96	0.95	4892	3884	1008
2.9-4.6	0.94	0.94	0.93	14336	12734	1602
2.3-2.9	0.82	0.82	0.79	17741	16303	1438
2-2.3	0.68	0.68	0.69	17105	15996	1109
1.7-2	0.41	0.41	0.42	28071	26644	1427
1.6-1.7	0.21	0.21	0.21	15866	15191	675

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	CCP4_3.3.16	データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.556 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2407	3625	5 %	RANDOM
R_work	0.1959	-	-	-
obs	0.1981	73160	96.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.73 Å² / B_iso mean: 30.789 Å² / B_iso min: 10.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6369	0	78	632	7079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.975	8992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.328	5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.5	24.29	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.587	15	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.784	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.373	215	0.305	4504	5264	89.647
1.847-1.897	0.305	210	0.28	4374	5120	89.531
1.897-1.952	0.3	232	0.254	4270	5010	89.86
1.952-2.011	0.285	222	0.235	4248	4853	92.108
2.011-2.077	0.242	236	0.225	4150	4680	93.718
2.077-2.15	0.236	232	0.211	4073	4527	95.096
2.15-2.23	0.246	183	0.203	4028	4340	97.028
2.23-2.321	0.245	204	0.192	3874	4175	97.677
2.321-2.423	0.244	177	0.196	3735	3979	98.316
2.423-2.541	0.25	198	0.199	3553	3784	99.128
2.541-2.677	0.248	172	0.206	3388	3594	99.054
2.677-2.838	0.228	164	0.198	3198	3382	99.409
2.838-3.032	0.26	163	0.194	3000	3175	99.622
3.032-3.272	0.214	134	0.184	2808	2962	99.325
3.272-3.58	0.22	158	0.172	2540	2704	99.778
3.58-3.995	0.21	114	0.168	2305	2427	99.67
3.995-4.599	0.184	94	0.154	2033	2131	99.812
4.599-5.599	0.234	103	0.171	1669	1774	99.887
5.599-7.778	0.267	65	0.211	1287	1354	99.852
7.778-29.462	0.252	37	0.174	687	730	99.178

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9969	-0.097	-0.2313	1.7557	-0.43	0.8747	-0.0104	-0.2078	0.0022	0.2966	-0.0124	-0.0822	0.0318	0.0813	0.0229	0.0666	-0.0016	-0.0147	0.0517	0.0052	0.0063	55.8986	34.8138	57.8637
2	1.5732	-0.3766	0.3871	2.0888	0.099	0.5962	-0.0794	-0.2977	-0.0149	0.3852	0.0792	0.0169	-0.0372	-0.0256	0.0003	0.077	0.0107	0.0038	0.0633	-0.0004	0.0052	32.1631	72.9705	55.7316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 507
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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