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- PDB-3rfv: Crystal structure of Uronate dehydrogenase from Agrobacterium tum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfv
タイトルCrystal structure of Uronate dehydrogenase from Agrobacterium tumefaciens complexed with NADH and product
要素Uronate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ternary complex / Rossmann Fold / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


uronate dehydrogenase / uronate dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactaro-1,5-lactone / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Uronate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Parkkinen, T. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Uronate Dehydrogenase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Parkkinen, T. / Boer, H. / Janis, J. / Andberg, M. / Penttila, M. / Koivula, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uronate dehydrogenase
B: Uronate dehydrogenase
C: Uronate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,16717
ポリマ－87,8353
非ポリマー3,33214
水13,872770
1
A: Uronate dehydrogenase
B: Uronate dehydrogenase
C: Uronate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Uronate dehydrogenase
B: Uronate dehydrogenase
C: Uronate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,33434
ポリマ－175,6696
非ポリマー6,66528
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area27540 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area53810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.390, 165.390, 173.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-647-

HOH

21A-699-

HOH

31A-701-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uronate dehydrogenase


分子量: 29278.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: udh, AGR_L_3333, Atu3143 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7CRQ0, uronate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 糖 ChemComp-15L / D-galactaro-1,5-lactone / galactaro-1,5-lactone / (2S,3R,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-oxidotetrahydro-2H-pyran-2-carboxylate


タイプ: D-saccharide / 分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 1.8 M ammonium phosphate, Tris-HCl, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 81720 / Num. obs: 81563 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 5946 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RFT

3rft


解像度: 2.1→19.758 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.04
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 4078 5 %RANDOM
Rwork0.1574 ---
obs0.159 81549 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.804 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.116 Å20 Å2-0 Å2
2--3.116 Å20 Å2
3----6.232 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6132 0 211 770 7113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0918898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1112526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17490.224020.177627X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.26190.19384020.16037633X-RAY DIFFRACTION100
2.2619-2.36470.22154020.16337649X-RAY DIFFRACTION100
2.3647-2.48910.21884020.16727640X-RAY DIFFRACTION100
2.4891-2.64470.20014050.1677679X-RAY DIFFRACTION100
2.6447-2.84840.20424060.16547724X-RAY DIFFRACTION100
2.8484-3.1340.19394070.167723X-RAY DIFFRACTION100
3.134-3.58520.17544090.15147786X-RAY DIFFRACTION100
3.5852-4.50810.17014130.13557845X-RAY DIFFRACTION100
4.5081-19.75890.16424300.15798165X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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