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- PDB-3rfm: Thermostabilised adenosine A2A receptor in complex with caffeine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfm
タイトルThermostabilised adenosine A2A receptor in complex with caffeine
要素Adenosine receptor A2a
キーワードSIGNALING PROTEIN / INVERSE AGONIST / 7TM / GPCR / G-PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / neuron projection morphogenesis / asymmetric synapse / membrane depolarization / axolemma / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / cellular defense response / regulation of mitochondrial membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / astrocyte activation / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / calmodulin binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAFFEINE / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.598 Å
データ登録者Dore, A.S. / Robertson, N. / Errey, J.C. / Ng, I. / Hollenstein, K. / Tehan, B. / Hurrell, E. / Bennett, K. / Congreve, M. / Magnani, F. ...Dore, A.S. / Robertson, N. / Errey, J.C. / Ng, I. / Hollenstein, K. / Tehan, B. / Hurrell, E. / Bennett, K. / Congreve, M. / Magnani, F. / Tate, C.G. / Weir, M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of the adenosine A(2A) receptor in complex with ZM241385 and the xanthines XAC and caffeine
著者: Dore, A.S. / Robertson, N. / Errey, J.C. / Ng, I. / Hollenstein, K. / Tehan, B. / Hurrell, E. / Bennett, K. / Congreve, M. / Magnani, F. / Tate, C.G. / Weir, M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6732
ポリマ－36,4791
非ポリマー1941
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.327, 113.328, 129.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a


分子量: 36479.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-317
変異: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274
#2: 化合物 ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / コメント: 薬剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 32-42% PEG1000, 0.25M MGCL2, 0.3% NG, 0.1%(W/V) 1-BUTANOL, 0.05% CYMAL-6, 0.1M TRIS-HCL,, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月6日
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→50 Å / Num. obs: 8939 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 108.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique all: 1328 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_84)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PWH

3pwh


解像度: 3.598→19.971 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3106 422 4.81 %RANDOM
Rwork0.2969 ---
obs0.2975 8775 89.25 %-
all-8939 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.443 Å2 / ksol: 0.218 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 353.13 Å2 / Biso mean: 148.8877 Å2 / Biso min: 78.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--81.7557 Å20 Å20 Å2
2--7.2617 Å2-0 Å2
3---74.494 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.598→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 14 0 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3893171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.516781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.598-4.11460.44331450.41492747289289
4.1146-5.16910.25821380.26092777291590
5.1691-19.97170.29391390.27422829296888
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.5394 Å / Origin y: -31.1724 Å / Origin z: -28.8621 Å
111213212223313233
T0.8085 Å2-0.0604 Å2-0.097 Å2-0.8086 Å2-0.0705 Å2--0.8771 Å2
L0.986 °2-1.3229 °20.0883 °2-2.1254 °2-0.1383 °2--1.8727 °2
S0.1886 Å °-0.2845 Å °0.4812 Å °0.0605 Å °-0.0739 Å °0.1058 Å °0.0025 Å °0.2174 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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