PDB-3reg: Crystal structure of EhRho1 bound to a GTP analog and Magnesium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3reg

タイトル

Crystal structure of EhRho1 bound to a GTP analog and Magnesium

要素

Rho-like small GTPase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cytoskeleton / nucleotide-binding / GTP-binding / lipoprotein / prenylation

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to phagocytic vesicle / adhesion of symbiont to host cell / small GTPase-mediated signal transduction / phagocytic cup / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / phagocytic vesicle / small monomeric GTPase / cell projection / cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Bosch, D.E. / Qiu, C. / Siderovski, D.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Unique structural and nucleotide exchange features of the Rho1 GTPase of Entamoeba histolytica.
著者: Bosch, D.E. / Wittchen, E.S. / Qiu, C. / Burridge, K. / Siderovski, D.P.

履歴

登録	2011年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3reg.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3reg.ent.gz	123.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3reg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3reg_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3reg_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3reg_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	3reg_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3reg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3reg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3refC 1a2bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yzk-d 6ym6-2 6iy1-2 1oix-d 2gf0-4 1oiw-d 6stf-3 4lhw-5 5xr7-2 4tq9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Rho-like small GTPase

B: Rho-like small GTPase

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rho-like small GTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rho-like small GTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.468, 39.497, 63.578
Angle α, β, γ (deg.)	81.75, 80.76, 65.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Rho-like small GTPase 分子量: 21432.455 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-191 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM1:IMSS / 遺伝子: EhRho1 / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95TD4, UniProt: C4M4W4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S 分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: EhRho1 at 15 mg/mL in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GTPgammaS, 1 mM magnesium chloride) was mixed 1:1 with and equilibrated ...詳細: EhRho1 at 15 mg/mL in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GTPgammaS, 1 mM magnesium chloride) was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution (25% PEG 4000, 150 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.63 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: EhRho1 at 15 mg/mL in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GTPgammaS, 1 mM magnesium chloride) was mixed 1:1 with and equilibrated ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月18日 / 詳細: custom
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 29325 / Num. obs: 23929 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 45.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 1A2B

1a2b

解像度: 1.801→32.958 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2221	1214	5.08 %
R_work	0.1718	-	-
obs	0.1744	23882	81.4 %
all	-	29486	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.113 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3683 Å²	0.703 Å²	-0.5607 Å²
2-	-	-1.8001 Å²	2.6031 Å²
3-	-	-	1.4318 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→32.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2658	0	66	229	2953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2	3770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.895	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.8735	0.2907	86	0.2154	1558	X-RAY DIFFRACTION	50
1.8735-1.9588	0.2994	105	0.2029	1931	X-RAY DIFFRACTION	62
1.9588-2.062	0.2454	126	0.1985	2250	X-RAY DIFFRACTION	73
2.062-2.1912	0.2512	123	0.1858	2480	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1912-2.3603	0.2339	124	0.1814	2679	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3603-2.5978	0.2334	146	0.1821	2863	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5978-2.9735	0.2413	170	0.1834	2914	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9735-3.7454	0.198	168	0.1579	2998	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7454-32.9637	0.1928	166	0.1527	2995	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9367	-0.5922	3.5337	4.4703	-1.3992	4.0311	0.7437	0.0655	-0.225	-0.2245	-0.0765	0.4631	-0.0229	-0.0377	-0.5635	0.6149	-0.0157	0.2628	0.0741	-0.0986	0.2797	-1.8339	-24.3945	47.4485
2	0.8707	-0.0434	-0.9119	0.8641	0.3262	2.8793	-0.0902	-0.0225	0.1827	0.0403	0.0626	0.2917	-0.4391	-0.1785	-0.0049	0.1921	0.0646	-0.0051	0.1738	0.0042	0.1627	5.4396	-2.9443	45.0753
3	5.3582	-4.5507	-2.7741	5.5469	4.3569	5.6838	-0.2721	-0.5693	-0.4568	-0.0242	0.1338	0.6851	-0.3516	-0.0911	0.1617	0.1294	-0.012	0.0537	0.263	-0.0326	0.1555	-1.1367	-9.5921	47.7797
4	1.4918	-0.7286	-0.8939	0.8695	0.3702	0.9176	0.0092	-0.3694	-0.0973	0.0473	-0.1405	0.2227	-0.0367	-0.1455	0.1169	0.1605	0.0254	0.0358	0.2474	0.0102	0.1038	5.1606	-9.7803	51.8831
5	0.9644	0.1017	-0.0662	1.0542	1.2097	1.5594	0.0291	-0.4448	-0.1179	0.1998	0.0642	-0.2325	0.1534	0.4359	-0.0751	0.1266	0.0138	-0.0305	0.3117	0.0188	0.1446	17.1894	-8.717	51.7257
6	2.8405	0.0088	-1.5608	0.8724	-0.1248	1.6081	-0.0164	-0.3755	-0.1321	-0.1606	0.1253	-0.1498	0.0067	0.5186	-0.0818	0.1279	-0.0138	0.0012	0.2366	-0.0501	0.1472	23.0692	-7.6619	40.1067
7	1.5538	1.7258	-1.5595	3.2383	-2.7621	2.858	-0.1979	0.0184	-0.3351	-0.4745	0.0289	-0.4237	0.3956	-0.1392	0.1451	0.1381	0.0007	0.0001	0.1534	-0.0206	0.1965	9.3375	-13.0351	38.2427
8	2.6801	-2.1102	0.6179	2.5573	1.5072	4.5357	-0.5433	-0.105	-2.7511	-0.0582	0.9596	-0.5478	-0.4721	0.0109	-0.1544	0.4543	-0.0602	0.1443	0.2935	-0.1039	0.8257	10.6807	-27.5966	44.4662
9	4.5466	-0.2056	3.3168	7.5308	1.4262	2.8501	0.7042	0.3766	-0.52	0.8886	-0.2659	-0.0161	0.7444	0.4553	-0.6694	0.5712	0.2849	-0.0731	0.2966	0.0045	0.3036	31.4624	-25.7115	16.857
10	1.1571	0.315	-0.5621	0.3865	-0.2112	1.9751	0.2372	0.1323	0.2907	0.0209	-0.1025	-0.1721	-0.4582	0.4039	-0.1136	0.1863	-0.0677	0.0294	0.1272	-0.0134	0.1486	25.5405	-4.8369	15.7781
11	2.6311	-1.9241	3.0402	2.1834	-1.9279	4.6209	0.3822	0.1563	-0.6871	0.1167	-0.2927	-0.1644	0.3712	0.7509	-0.0545	0.2091	0.0575	-0.0458	0.2996	0.0908	0.2656	31.3931	-18.9032	20.2195
12	1.2164	0.5693	0.1463	0.2573	0.1263	0.1965	0.1371	0.5832	0.1946	0.0379	0.1238	-0.2469	-0.2775	0.0885	-0.2001	0.2616	0.1205	0.0503	0.3814	0.0392	0.1052	22.6003	-7.9453	3.1973
13	2.0143	-0.4102	-0.7812	1.0204	0.3184	3.501	0.249	0.3324	-0.1549	-0.0641	-0.0698	0.0026	-0.1213	-0.3155	0.055	0.1331	0.0474	-0.0402	0.1376	-0.0338	0.0984	13.3091	-10.6728	12.5713
14	0.8318	-1.8425	-1.2743	5.2044	1.7757	4.9455	0.1452	0.1467	-0.0332	0.3256	-0.034	0.5142	-0.2448	-1.3056	-0.1277	0.1902	0.1362	-0.004	0.3595	0.0449	0.2167	4.1762	-5.924	23.7208
15	6.3165	2.7563	2.8312	1.5775	2.2867	3.0146	0.3609	0.0697	-0.747	0.1947	0.0292	-0.1633	0.239	-0.0956	-0.3516	0.1303	-0.0546	-0.0192	0.076	0.0084	0.1821	13.2568	-12.6091	21.4555
16	4.1932	-2.7576	0.2279	2.1951	0.9027	6.3421	0.0538	-0.0495	-0.7714	0.1319	0.1159	0.9197	0.7918	0.3164	-0.1298	0.1874	-0.01	-0.0499	0.0988	0.0486	0.2965	21.815	-20.6626	22.1978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:23)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 24:56)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 57:64)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 65:93)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 94:135)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 136:167)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 168:185)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 186:191)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 14:24)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 25:57)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 58:75)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 76:94)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 95:140)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 141:154)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 155:174)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 175:189)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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