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万見
- PDB-3ref: Crystal structure of EhRho1 bound to GDP and Magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ref
タイトルCrystal structure of EhRho1 bound to GDP and Magnesium
要素Rho-like small GTPase
キーワードSIGNALING PROTEIN / cytoskeleton / nucleotide-binding / GTP-binding / lipoprotein / prenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to phagocytic vesicle / adhesion of symbiont to host cell / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / mitotic cytokinesis / phagocytic cup / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / phagocytic vesicle ...protein localization to phagocytic vesicle / adhesion of symbiont to host cell / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / mitotic cytokinesis / phagocytic cup / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / phagocytic vesicle / small monomeric GTPase / actin filament organization / cell projection / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...Small GTPase Rho / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-like GTP-binding protein RHO1 / Rho-like small GTPase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Qiu, C. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Unique structural and nucleotide exchange features of the Rho1 GTPase of Entamoeba histolytica.
著者: Bosch, D.E. / Wittchen, E.S. / Qiu, C. / Burridge, K. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Rho-like small GTPase
A: Rho-like small GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0889
ポリマ－42,8652
非ポリマー1,2237
水3,837213
1
A: Rho-like small GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0925
ポリマ－21,4321
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rho-like small GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9964
ポリマ－21,4321
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.300, 54.476, 132.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rho-like small GTPase


分子量: 21432.455 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-191 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM1:IMSS / 遺伝子: EhRho1 / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95TD4, UniProt: C4M4W4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: EhRho1 at 15 mg/mL in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GDP, 1 mM magnesium chloride) was mixed 1:1 with and equilibrated ...詳細: EhRho1 at 15 mg/mL in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GDP, 1 mM magnesium chloride) was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution (1.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月5日 / 詳細: custom
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.324 Å / Num. all: 27432 / Num. obs: 27267 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPF

1dpf


解像度: 1.95→28.324 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 1366 5.03 %
Rwork0.1565 --
obs0.1586 27158 99.58 %
all-27432 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.838 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0786 Å20 Å20 Å2
2--0.1266 Å2-0 Å2
3----0.048 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2759 0 73 213 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.263909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d161041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.01940.25851230.18972537X-RAY DIFFRACTION99
2.0194-2.10020.22571240.1642545X-RAY DIFFRACTION100
2.1002-2.19580.23031230.15542539X-RAY DIFFRACTION100
2.1958-2.31150.20481320.15142542X-RAY DIFFRACTION99
2.3115-2.45620.24241280.15332551X-RAY DIFFRACTION100
2.4562-2.64580.20751460.16322569X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.91180.22051320.17232562X-RAY DIFFRACTION100
2.9118-3.33250.24671460.17332586X-RAY DIFFRACTION100
3.3325-4.19650.16631420.14112635X-RAY DIFFRACTION100
4.1965-28.32670.15361700.14122726X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33480.495-0.70470.5017-1.13643.03460.2125-0.10190.4130.40020.0967-0.1752-0.73790.2076-0.2980.3049-0.03790.07150.1492-0.05940.19537.38634.22473.5314
22.8053-1.28790.88534.9021-0.59327.07210.546-0.20030.52580.1535-0.2198-0.6221-0.39941.3435-0.28980.3302-0.13740.02390.4164-0.12160.3714.26651.93177.705
31.22110.1401-1.14330.75310.95482.93990.2531-0.21910.17530.1481-0.02190.1149-0.63090.2525-0.2090.3127-0.0220.04120.1985-0.0580.21374.47932.38958.0432
40.38960.2906-0.42530.8079-0.4861.81440.01350.0798-0.0795-0.01920.04790.1571-0.0512-0.2439-0.0430.13070.0128-0.00940.1854-0.01530.1530.0619-8.1515-0.3294
51.254-0.3243-1.30611.42210.01391.62440.15780.38820.0269-0.3174-0.03240.0766-0.305-0.3094-0.09570.20460.0787-0.02290.23480.0180.16931.5097-2.5077-7.8591
60.32690.3703-0.30882.983-0.52592.6664-0.09390.1096-0.1605-0.15950.12660.4540.1453-0.5068-0.04610.1068-0.0189-0.02730.2297-0.00080.20868.7044-5.9967-33.3799
72.37080.7022-0.39620.83920.05440.1832-0.0240.3481-0.0607-0.3293-0.0062-0.0880.15060.05330.04960.23710.00190.00180.21470.00490.208424.1189-2.1933-41.151
80.5894-0.0274-0.47930.21460.09551.18560.0269-0.0410.18920.0951-0.0907-0.0396-0.38860.1040.06160.1799-0.0259-0.02720.13570.00140.189320.81973.4654-28.4191
91.54780.9159-0.80311.59450.18822.72320.1174-0.23320.26770.3189-0.04980.0663-0.3170.0824-0.06990.2187-0.0118-0.00510.2028-0.04250.184616.132.9919-19.1068
100.265-0.0706-0.04030.88610.05580.3521-0.3163-0.07640.07290.04290.2907-0.3014-0.0601-0.02020.0650.16740.1371-0.02160.18450.07190.2235-2.44558.8453-29.5332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 15:48)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 49:64)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 65:92)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 93:144)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 145:187)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 15:80)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 81:94)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 95:140)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 141:179)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 180:194)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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