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- PDB-3red: 3.0 A structure of the Prunus mume hydroxynitrile lyase isozyme-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3red
タイトル3.0 A structure of the Prunus mume hydroxynitrile lyase isozyme-1
要素Hydroxynitrile lyase
キーワードLYASE / Stereospecific production / cyanohydrins / Reversible addition / CN / aldehyde/ketone substrates / Hydroxynitrile Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase ...: / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (R)-mandelonitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Prunus mume (ウメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Cielo, C.B.C. / Yamane, T. / Asano, Y. / Watanabe, N. / Suzuki, A. / Fukuta, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a native FAD-dependent Hydroxynitrile Lyase derived from the Japanese apricot, Prunus mume
著者: Cielo, C.B.C. / Yamane, T. / Asano, Y. / Watanabe, N. / Suzuki, A. / Fukuta, Y.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxynitrile lyase
B: Hydroxynitrile lyase
C: Hydroxynitrile lyase
D: Hydroxynitrile lyase
E: Hydroxynitrile lyase
F: Hydroxynitrile lyase
G: Hydroxynitrile lyase
H: Hydroxynitrile lyase
I: Hydroxynitrile lyase
J: Hydroxynitrile lyase
K: Hydroxynitrile lyase
L: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)686,40124
ポリマ－676,97412
非ポリマー9,42712
水00
1
A: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2002
ポリマ－56,4151
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.019, 113.302, 169.488
Angle α, β, γ (deg.)89.92, 79.13, 80.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Hydroxynitrile lyase


分子量: 56414.535 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Prunus mume (ウメ) / 組織: seed / 参照: UniProt: B9X0I1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月17日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. all: 150852 / Num. obs: 143272 / % possible obs: 96 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GDP

3gdp


解像度: 3.03→10.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25285 7404 5 %RANDOM
Rwork0.19107 ---
obs0.1942 140308 96 %-
all-153872 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→10.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47804 0 636 0 48440
LS精密化 シェル解像度: 3.028→3.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 457 -
Rwork0.247 8376 -
obs--82.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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