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- PDB-3rco: Crystal structure of a conserved motif in human TDRD7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rco
タイトルCrystal structure of a conserved motif in human TDRD7
要素Tudor domain-containing protein 7
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / HLH motif
機能・相同性
機能・相同性情報


P granule organization / ribonucleoprotein granule / piRNA processing / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatoid body / lens fiber cell differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / spermatogenesis / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TDRD7, third LOTUS domain / : / : / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / : / Tudor domain ...TDRD7, third LOTUS domain / : / : / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SNase-like, OB-fold superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor domain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, C. / Walker, J.R. / Lam, R. / Guo, Y. / Bian, C. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...Dong, A. / Xu, C. / Walker, J.R. / Lam, R. / Guo, Y. / Bian, C. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a conserved motif in human TDRD7
著者: Xu, C. / Dong, A. / Walker, J.R. / Lam, R. / Guo, Y. / Bian, C. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor domain-containing protein 7
B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,37513
ポリマ－19,9852
非ポリマー39011
水3,171176
1
B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子
x 12
A: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,500156
ポリマ－239,82024
非ポリマー4,680132
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation14_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation15_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation17_444z-1/2,x-1/2,y-1/21
crystal symmetry operation18_455z-1/2,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation19_554-z+1/2,-x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation20_545-z+1/2,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation21_444y-1/2,z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation22_545-y+1/2,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation23_455y-1/2,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation24_554-y+1/2,-z+1/2,x-1/21
Buried area66610 Å2
ΔGint-1505 kcal/mol
Surface area64790 Å2
手法PISA
2
B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,313108
ポリマ－119,91012
非ポリマー3,40396
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area31970 Å2
ΔGint-951 kcal/mol
Surface area37800 Å2
手法PISA
3
A: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子

A: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子

A: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,29712
ポリマ－29,9773
非ポリマー3199
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area3990 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
4
B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子

B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子

B: Tudor domain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,82827
ポリマ－29,9773
非ポリマー85124
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6810 Å2
ΔGint-312 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.788, 99.788, 99.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-8-

CL

21A-102-

HOH

31A-104-

HOH

41B-6-

HOH

51B-101-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tudor domain-containing protein 7 / PCTAIRE2-binding protein / Tudor repeat associator with PCTAIRE 2 / Trap


分子量: 9992.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD7, PCTAIRE2BP / プラスミド: pet28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon plus RIL / 参照: UniProt: Q8NHU6
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M NaOAc, 2.2-2.4M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日 / 詳細: Si 111
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 15460 / Num. obs: 15460 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.3 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 8.75 / Num. unique all: 1500 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.671 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23024 1180 7.6 %RANDOM
Rwork0.17364 ---
all0.17794 15460 --
obs0.17794 14272 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.087 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1175 0 11 176 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9811676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1745159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.0321.83749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63615207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8781513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6291.5786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78421263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6333448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.514.5413
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 88 -
Rwork0.204 1035 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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