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- PDB-3rc4: Molecular mechanisms of viral and host-cell substrate recognition... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rc4
タイトルMolecular mechanisms of viral and host-cell substrate recognition by HCV NS3/4A protease
要素
  • NS3/4A Protease
  • Product TRIF
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / serine protease / HYDROLASE / chymotrypsin-like / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / positive regulation of natural killer cell activation / ripoptosome / Toll-like receptor 2 binding / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade ...TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of hexokinase activity / symbiont-mediated perturbation of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / positive regulation of natural killer cell activation / ripoptosome / Toll-like receptor 2 binding / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / toll-like receptor 3 signaling pathway / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / viral capsid assembly / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hepacivirin / TBC/RABGAPs / positive regulation of macrophage cytokine production / host cell mitochondrial membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / positive regulation of cytokinesis / response to exogenous dsRNA / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / B cell proliferation / host cell membrane / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of protein secretion / regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of chemokine production / positive regulation of autophagy / signaling adaptor activity / positive regulation of B cell proliferation / nitric oxide biosynthetic process / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / serine-type peptidase activity / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / apoptotic signaling pathway / SH3 domain binding / positive regulation of interleukin-6 production / kinase binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / cellular response to lipopolysaccharide / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / molecular adaptor activity / defense response to virus / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / early endosome / RNA helicase activity / endosome / host cell perinuclear region of cytoplasm / endosome membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / inflammatory response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope
類似検索 - 分子機能
TIR domain-containing adapter molecule 1 / TRIF, N-terminal / TRIF N-terminal domain / : / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain ...TIR domain-containing adapter molecule 1 / TRIF, N-terminal / TRIF N-terminal domain / : / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / TIR domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein / Genome polyprotein / TIR domain-containing adapter molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Romano, K.P. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Molecular mechanisms of viral and host cell substrate recognition by hepatitis C virus NS3/4A protease.
著者: Romano, K.P. / Laine, J.M. / Deveau, L.M. / Cao, H. / Massi, F. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3/4A Protease
B: Product TRIF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9194
ポリマ－22,7582
非ポリマー1612
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.900, 58.146, 61.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NS3/4A Protease


分子量: 21487.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-218
変異: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, V1044E, L1047Q, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6MZ98, UniProt: P27958*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Product TRIF


分子量: 1270.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IUC6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND TO RESIDUES NUMBERING 1678-1688 OF DATABASE SEQUENCE REFERENCE (UNP A8DG50). THIS PEPTIDE IS COVALENTLY LINKED TO THE N-TERMINUS OF NS3. C1679S MUTATION WAS ENGINEERED TO PREVENT DISULFIDE FORMATION. THE V1686I AND I1687N WERE ENGINEERED TO OPTIMIZE THE LINKER BETWEEN THE COFACTOR 4A AND NS3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 27770 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.5-1.554.70.33293.1
1.55-1.624.70.24792.1
1.62-1.694.80.18892.7
1.69-1.784.80.14591.9
1.78-1.894.90.11391.2
1.89-2.0450.08990.5
2.04-2.245.10.07189.4
2.24-2.565.10.05788.1
2.56-3.235.10.04385
3.23-205.10.03962.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3M5M

3m5m


解像度: 1.5→17.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.929 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0855 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21549 1416 5.1 %RANDOM
Rwork0.18641 ---
obs0.18789 26246 87.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→17.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1477 0 6 154 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9672057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82632453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4125205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7622.04149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78715231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6441513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.161.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02121633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5193493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3434.5423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 96 -
Rwork0.224 2004 -
obs--91.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-1.78230.71021.66560.98445.062810.03730.21910.19870.3847-0.23490.1366-0.21720.2994-0.0441-0.35570.82060.09330.29560.31120.08930.3276.5914-19.02210.0618
23.2661-0.4576-1.02165.07041.92736.10390.1252-0.3630.22420.39220.0349-0.1878-0.26340.1646-0.16020.1475-0.02970.0080.08990.01050.0812.29442.222824.0661
34.7783-1.3893-3.70985.04441.5876.7520.048-0.2505-0.09430.0061-0.0103-0.1777-0.06280.3074-0.03760.0951-0.0140.00270.05090.01160.07924.35425.054119.1889
43.6902-2.47610.02848.62920.39029.34040.11170.0342-0.0421-0.4865-0.1232-0.593-0.2830.30210.01150.0842-0.0030.08950.0710.01870.132511.3756-5.2411.0437
527.29762.2577-6.2859.0159-0.66728.0380.2694-0.69460.71180.1737-0.1806-0.3935-0.29050.4806-0.08880.1227-0.047-0.02580.0729-0.00270.10656.2091-1.541226.4446
64.07380.58960.18537.20522.044214.35120.26310.2259-0.1387-0.487-0.04740.02780.1105-0.5606-0.21570.09290.0193-0.00820.09780.02570.1014-0.0347-5.153113.3611
72.35060.2558-0.33471.80940.44051.08010.0746-0.0101-0.03360.0044-0.0858-0.06320.0536-0.02140.01110.09490.0076-0.00320.08740.02460.0751-1.3421-11.275120.2017
87.61272.6533-1.30243.0491-0.69361.91660.2061-0.2184-0.19190.0587-0.2319-0.35480.07460.1980.02580.06990.0236-0.00020.06460.0170.12515.9188-16.449119.4225
96.62882.21712.05852.19321.25543.18560.02940.0384-0.16220.1504-0.0782-0.13740.05280.09820.04880.09450.0181-0.00590.07850.01550.0939-0.9753-15.639522.1808
1014.03231.4679-10.15982.0903-1.12367.599-0.227-0.6181-0.17080.1287-0.094-0.1479-0.04430.32850.3210.1813-0.0019-0.02990.2556-0.04130.1375-1.5202-8.059335.2373
1114.26514.6252-6.71563.0451-7.329915.88210.4853-1.16120.96960.0828-0.18020.0542-0.0590.3621-0.30510.0781-0.00780.08260.1498-0.18980.3407-14.3151-1.469133.2003
128.26427.9203-3.592117.3775-6.656317.36180.06820.39220.4473-0.74030.14421.3296-0.00920.3174-0.21240.10510.0177-0.01980.0759-0.00580.2404-6.96093.381621.2654
138.15761.8196-2.59920.8246-1.12652.76180.1627-0.360.5970.05340.15070.0792-0.1155-0.0233-0.31340.07480.00360.05430.1608-0.03230.1214-17.7132-5.571430.6129
145.2785-3.59880.556912.4215-9.15125.48410.1442-0.00980.5952-0.20930.36290.5604-0.0628-0.2844-0.50710.18010.03810.07850.18910.01530.2683-20.864-1.283126.0205
1530.8502-11.72220.80197.4563-5.9415.20080.12470.65731.64290.24770.3931-0.319-0.3014-0.5174-0.51790.13850.02710.01330.16680.11650.3248-13.76481.030716.8831
164.542-0.6767-2.3447-0.10592.133115.80110.0959-0.62740.7405-0.08170.0043-0.0264-0.34810.0912-0.10020.1497-0.03060.0390.2535-0.11590.2441-7.8018-3.771933.3199
179.6925-3.26630.436-0.113-0.40345.63940.01830.0750.0648-0.0336-0.15280.11110.22060.37270.13450.1469-0.01340.0160.15030.00180.147-10.1726-8.932126.1077
181.5419-4.17613.892410.2891-4.15328.39390.11780.5537-0.2926-0.46670.11351.2879-0.0275-0.0277-0.23140.14240.06380.0120.62760.21720.3422-21.9782-3.071517.5764
1920.0374-8.3766.52626.1854-7.333210.55610.16730.1133-0.30410.0652-0.02420.2027-0.04970.0347-0.14320.1103-0.01490.02030.11960.00990.0589-13.9468-10.671325.9813
2014.2477-3.6459-6.85954.6329-1.91773.5448-0.3471-0.8776-0.60170.25780.1360.4240.17250.14460.21110.1545-0.044-0.03220.19320.10260.114-5.9745-17.945531.7631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A982 - 991
2X-RAY DIFFRACTION2A992 - 1004
3X-RAY DIFFRACTION3A1005 - 1012
4X-RAY DIFFRACTION4A1013 - 1027
5X-RAY DIFFRACTION5A1028 - 1033
6X-RAY DIFFRACTION6A1034 - 1041
7X-RAY DIFFRACTION7A1042 - 1063
8X-RAY DIFFRACTION8A1064 - 1078
9X-RAY DIFFRACTION9A1079 - 1088
10X-RAY DIFFRACTION10A1089 - 1101
11X-RAY DIFFRACTION11A1102 - 1106
12X-RAY DIFFRACTION12A1107 - 1112
13X-RAY DIFFRACTION13A1113 - 1122
14X-RAY DIFFRACTION14A1123 - 1129
15X-RAY DIFFRACTION15A1130 - 1139
16X-RAY DIFFRACTION16A1140 - 1149
17X-RAY DIFFRACTION17A1150 - 1155
18X-RAY DIFFRACTION18A1156 - 1166
19X-RAY DIFFRACTION19A1167 - 1171
20X-RAY DIFFRACTION20A1172 - 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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