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Yorodumi- PDB-3rc4: Molecular mechanisms of viral and host-cell substrate recognition... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rc4 | ||||||
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Title | Molecular mechanisms of viral and host-cell substrate recognition by HCV NS3/4A protease | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / serine protease / HYDROLASE / chymotrypsin-like / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / ripoptosome / Toll-like receptor 2 binding / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TRIF-mediated programmed cell death ...TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / ripoptosome / Toll-like receptor 2 binding / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / toll-like receptor 3 signaling pathway / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / viral capsid assembly / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of natural killer cell activation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / positive regulation of macrophage cytokine production / hepacivirin / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / host cell mitochondrial membrane / response to exogenous dsRNA / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / B cell proliferation / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of protein secretion / host cell membrane / positive regulation of type I interferon production / autophagosome / signaling adaptor activity / positive regulation of autophagy / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / serine-type peptidase activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / virion component / apoptotic signaling pathway / SH3 domain binding / kinase binding / positive regulation of interleukin-6 production / : / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / nucleoside-triphosphate phosphatase / positive regulation of tumor necrosis factor production / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to virus / viral nucleocapsid / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / molecular adaptor activity / early endosome / endosome membrane / RNA helicase / endosome / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / inflammatory response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hepatitis C virus subtype 1a Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Romano, K.P. / Schiffer, C.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2011 Title: Molecular mechanisms of viral and host cell substrate recognition by hepatitis C virus NS3/4A protease. Authors: Romano, K.P. / Laine, J.M. / Deveau, L.M. / Cao, H. / Massi, F. / Schiffer, C.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rc4.cif.gz | 99.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rc4.ent.gz | 74.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rc4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rc4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rc5C 3rc6C 3m5mS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21487.330 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 36-218 Mutation: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, V1044E, L1047Q, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepatitis C virus subtype 1a / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: D6MZ98, UniProt: P27958*PLUS |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1270.451 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q8IUC6*PLUS |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-ZN / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Date: Oct 28, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→20 Å / Num. obs: 27770 / % possible obs: 87.4 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3M5M Resolution: 1.5→17.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.929 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0855 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.043 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→17.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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