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- PDB-3rbk: The Type II Crystal Structure of Streptococcus agalactiae Sortase C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbk
タイトルThe Type II Crystal Structure of Streptococcus agalactiae Sortase C1
要素Sortase family protein
キーワードHYDROLASE / Sortase / Beta-barrel / Pilus-specific sortase / Pili biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Khare, B. / Narayana, S.V.L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural differences between the Streptococcus agalactiae housekeeping and pilus-specific sortases: SrtA and SrtC1.
著者: Khare, B. / Krishnan, V. / Rajashankar, K.R. / I-Hsiu, H. / Xin, M. / Ton-That, H. / Narayana, S.V.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase family protein
B: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8395
ポリマ－51,5502
非ポリマー2883
水43224
1
A: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8712
ポリマ－25,7751
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9673
ポリマ－25,7751
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.09, 73.38, 127.28
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A6 - 47
2113B6 - 47
1213A60 - 207
2213B60 - 207

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要素

#1: タンパク質 Sortase family protein / Sortase C1


分子量: 25775.227 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
株: SAG 2603V/R / 遺伝子: SAG0647, srtC1 (SAG0647) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: Q8E0S7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM calcium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→63.64 Å / Num. obs: 15115 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 57.5
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 20.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→63.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 14.288 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.832 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28229 754 5.1 %RANDOM
Rwork0.24783 ---
obs0.24948 14102 99.79 %-
all-15115 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→63.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 15 24 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.9694045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9465371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.4523.939132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.21915481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8731520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9081.51879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77423017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37431097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3544.51028
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
660tight positional0.090.05
621loose positional0.225
660tight thermal0.170.5
621loose thermal0.1810
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 66 -
Rwork0.366 978 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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