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万見
- PDB-3ray: Crystal structure of Methyltransferase domain of human PR domain-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ray
タイトルCrystal structure of Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 11
要素PR domain-containing protein 11
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / Histone methylation / Zn-finger / transcriptional regulation / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of MAPK cascade / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / negative regulation of cell growth / regulation of gene expression / methylation / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of MAPK cascade / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / negative regulation of cell growth / regulation of gene expression / methylation / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRDM11, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / Beta-clip-like / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 11
著者: Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain-containing protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,62210
ポリマ－27,4751
非ポリマー1479
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.154, 55.156, 106.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PR domain-containing protein 11


分子量: 27475.020 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 79-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM11, PFM8 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)V2RpRARE / 参照: UniProt: Q9NQV5

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非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20%PEG 3350, 0.2M KCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月27日 / 詳細: VeriMax HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 19744 / Num. obs: 19744 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 59.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 878 / Rsym value: 0.678 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASES位相決定
BUSTER2.8.0精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DB5

3db5


解像度: 1.73→27.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 1022 5.19 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
all0.1959 19744 --
obs0.1959 19693 --
原子変位パラメータBiso mean: 47.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5402 Å20 Å20 Å2
2--1.5387 Å20 Å2
3----8.0789 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→27.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 9 119 1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.991855HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d456SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes203HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1358HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion171SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1623SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 165 6.13 %
Rwork0.2264 2525 -
all0.228 2690 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.5547 Å / Origin y: 31.1919 Å / Origin z: 13.9838 Å
111213212223313233
T-0.1451 Å20.0164 Å2-0.008 Å2--0.1225 Å20.0266 Å2---0.0716 Å2
L3.6009 °20.2641 °2-0.1296 °2-3.4138 °20.1599 °2--2.5324 °2
S0.0819 Å °0.0285 Å °0.09 Å °-0.1276 Å °-0.0254 Å °0.2014 Å °0.089 Å °0.0037 Å °-0.0565 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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