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- PDB-3ra4: Structural studies of AAV8 capsid transitions associated with end... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ra4
タイトルStructural studies of AAV8 capsid transitions associated with endosomal trafficking
要素
  • Capsid protein
  • DNA (5'-D(*CP*A)-3')
キーワードVIRUS / beta barrel / Viral Capsid / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / nucleotide binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nam, H.-J. / Gurda, B. / McKenna, R. / Porter, M. / Byrne, B. / Salganik, M. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural studies of adeno-associated virus serotype 8 capsid transitions associated with endosomal trafficking.
著者: Nam, H.J. / Gurda, B.L. / McKenna, R. / Potter, M. / Byrne, B. / Salganik, M. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2011年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
D: DNA (5'-D(*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0862
ポリマ－59,0862
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Capsid protein
D: DNA (5'-D(*CP*A)-3')
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,545,148120
ポリマ－3,545,148120
非ポリマー00
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
D: DNA (5'-D(*CP*A)-3')
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 295 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,42910
ポリマ－295,42910
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
D: DNA (5'-D(*CP*A)-3')
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 355 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,51512
ポリマ－354,51512
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
D: DNA (5'-D(*CP*A)-3')
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 591 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)590,85820
ポリマ－590,85820
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)257.940, 257.940, 448.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56326, 0.75471, 0.33637), (-0.75707, 0.3083, 0.57602), (0.33103, -0.57911, 0.74502)74.9414, -18.6809, -57.3758
3generate(-0.14435, 0.4643, 0.87384), (-0.46857, -0.80988, 0.35291), (0.87155, -0.35851, 0.33446)83.9955, -114.3114, -64.4232
4generate(-0.14511, -0.4705, 0.87039), (0.4686, -0.80746, -0.35836), (0.87141, 0.35586, 0.33765)14.614, -154.8, -11.322
5generate(0.56249, -0.75744, 0.33149), (0.75701, 0.31058, -0.57488), (0.33248, 0.57431, 0.74808)-37.403, -84.161, 28.243
6generate(0.64299, 0.75461, 0.13087), (0.17675, -0.31247, 0.93334), (0.7452, -0.577, -0.33429)87.77, -225.53999, 10.528
7generate(-0.16789, 0.643088, 0.74717), (0.64317, -0.50294, 0.57739), (0.74709, 0.5775, -0.32918)114.6243, -259.84171, 96.1499
8generate(-0.33486, -0.36095, 0.87039), (0.93375, -0.00317, 0.35792), (-0.12644, 0.93258, 0.3381)47.2147, -235.30589, 160.2977
9generate(0.3715, -0.86776, 0.33012), (0.64501, 0.49698, 0.58049), (-0.66779, -0.00272, 0.74435)-20.967, -185.67999, 114.37
10generate(0.97566, -0.17934, -0.12616), (0.17713, 0.30545, 0.93559), (-0.12925, -0.93517, 0.32979)3.9687, -179.63, 21.814

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 58528.367 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 220-738 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
株: Serotype 8 / 細胞株 (発現宿主): MAMMALIAN KIDNEY CELLS HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JQF8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*A)-3')


分子量: 557.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
細胞株 (発現宿主): MAMMALIAN KIDNEY CELLS HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE VIRUS CAPSID IS FROM AAV8 VIRUS BUT THE GENE ENCAPSULATED BY THE VIRUS WAS GFP. ONLY TWO ...THE VIRUS CAPSID IS FROM AAV8 VIRUS BUT THE GENE ENCAPSULATED BY THE VIRUS WAS GFP. ONLY TWO RESIDUE WAS OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAP FROM THE GENE CODING GFP IN THIS STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris pH7.5, 4% PEG 8000, 1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 238726 / Num. obs: 221840 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.083
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rsym value: 0.201 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.213 10909 RANDOM
Rwork0.212 --
obs0.212 221840 -
all-238726 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 37 0 76 4249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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