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万見
- PDB-3r9a: Human alanine-glyoxylate aminotransferase in complex with the TPR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r9a
タイトルHuman alanine-glyoxylate aminotransferase in complex with the TPR domain of human PEX5P
要素
  • Peroxisomal targeting signal 1 receptor
  • Serine--pyruvate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN / TPR-DOMAIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / PEROXISOME / AMINOTRANSF PYRUVATE / TRANSFERASE / DISEASE MUTATION / MEMBRANE / PEROXISO BIOGENESIS DISORDER / PROTEIN TRANSPORT / TPR REPEAT / TRANSPO ZELLWEGER SYNDROME / TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX / MITOCHONDRION / PYRIDOXAL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / peroxisome targeting sequence binding / protein targeting to peroxisome / oxalic acid secretion / serine-pyruvate transaminase / alanine-glyoxylate transaminase / glyoxylate metabolic process ...protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / peroxisome targeting sequence binding / protein targeting to peroxisome / oxalic acid secretion / serine-pyruvate transaminase / alanine-glyoxylate transaminase / glyoxylate metabolic process / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / L-alanine catabolic process / glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / L-serine-pyruvate transaminase activity / protein import into peroxisome matrix / alanine-glyoxylate transaminase activity / protein import into peroxisome matrix, docking / very long-chain fatty acid metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein carrier chaperone / cell development / glyoxylate catabolic process / L-serine metabolic process / L-cysteine catabolic process / pexophagy / positive regulation of multicellular organism growth / endoplasmic reticulum organization / mitochondrial membrane organization / peroxisomal membrane / transaminase activity / neuromuscular process / amino acid binding / fatty acid beta-oxidation / cerebral cortex cell migration / peroxisomal matrix / negative regulation of protein-containing complex assembly / Notch signaling pathway / Pexophagy / cellular response to reactive oxygen species / protein tetramerization / Peroxisomal protein import / small GTPase binding / neuron migration / pyridoxal phosphate binding / peroxisome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. ...PEX5/PEX5L / Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / TPR repeat profile. / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Tetratricopeptide repeats / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Tetratricopeptide repeat / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine--glyoxylate aminotransferase / Peroxisomal targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Fodor, K. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Molecular requirements for peroxisomal targeting of alanine-glyoxylate aminotransferase as an essential determinant in primary hyperoxaluria type 1
著者: Fodor, K. / Wolf, J. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Wilmanns, M.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年5月11日ID: 3IMZ
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--pyruvate aminotransferase
B: Peroxisomal targeting signal 1 receptor
C: Serine--pyruvate aminotransferase
D: Peroxisomal targeting signal 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3095
ポリマ－159,0994
非ポリマー2091
水14,970831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area49950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.367, 99.156, 127.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine--pyruvate aminotransferase / SPT / Alanine--glyoxylate aminotransferase / AGT


分子量: 43419.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGT1, AGXT, SPAT / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: P21549, serine-pyruvate transaminase, alanine-glyoxylate transaminase
#2: タンパク質 Peroxisomal targeting signal 1 receptor / PTS1 receptor / PTS1R / PTS1-BP / Peroxin-5 / Peroxisomal C-terminal targeting signal import ...PTS1 receptor / PTS1R / PTS1-BP / Peroxin-5 / Peroxisomal C-terminal targeting signal import receptor / Peroxisome receptor 1


分子量: 36130.664 Da / 分子数: 2 / Fragment: TPR-DOMAIN, UNP residues 315-639 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX5, PXR1 / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P50542
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1M BIS-TRIS (PH5.3), 0.15M LISO4, 17% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月27日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→78.09 Å / Num. all: 61302 / Num. obs: 61118 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→78.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 18.268 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23917 3096 5.1 %RANDOM
Rwork0.18381 ---
obs0.18665 57997 99.65 %-
all-58201 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å2-1.12 Å2
2--2.44 Å2-0 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→78.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 0 14 831 11387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.98314714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.01951359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46923.828478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.599151818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3221579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3561.56773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.695210846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14534060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9584.53864
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 220 -
Rwork0.288 4089 -
obs--95.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5635-0.2060.05850.2871-0.07541.60040.0223-0.01830.06790.00410.01610.00640.0715-0.067-0.03840.0778-0.0141-0.02290.0061-0.00410.1045-9.8122-4.0171-4.6888
21.02140.34680.13740.78270.01460.74910.0907-0.02730.0006-0.0054-0.05290.02170.02280.0226-0.03780.07440.0390.00170.05780.02210.051214.4573-1.688234.6946
30.5250.14550.09360.28940.18631.59280.01150.10720.0469-0.0190.0481-0.01320.10110.4299-0.05960.02590.0118-0.00310.15920.00580.04616.036-6.0819-29.6372
40.9072-0.5530.09321.4609-0.15331.31680.0352-0.10420.01050.0312-0.0179-0.07330.0288-0.0953-0.01730.0209-0.0525-0.01170.17440.02780.0089-17.6353-4.0847-65.0136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B325 - 639
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4D324 - 639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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