[日本語] English
万見
- PDB-3r98: Joint Neutron and X-ray structure of Cytochrome c peroxidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r98
タイトルJoint Neutron and X-ray structure of Cytochrome c peroxidase
要素Cytochrome c peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Blakeley, M.P. / Fisher, S.J. / Gumiero, A. / Moody, P.C.E. / Raven, E.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hydrogen bonds in heme peroxidases: a combined X-ray and neutron study of cytochrome c peroxidase
著者: Gumiero, A. / Blakeley, M.P. / Metcalfe, C.L. / Murphy, E.J. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0872
ポリマ－33,4701
非ポリマー6161
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.547, 76.655, 107.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase / CCP


分子量: 33470.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

-
実験情報

-
実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 6
詳細: 50mM potassium phosphate, 30% MPD, pH 6.0(in D2O), MICRODIALYSIS, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORILL LADI III13.2-4.2
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
1IMAGE PLATE2009年6月23日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2009年4月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MULTILAYER NI-TILAUEMneutron1
2XenocsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.21
24.21
31.54181
反射

Entry-ID: 3R98

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(F)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.4-53.55169061290076.3004.629.960.16817.8
2.1-43.8932290089.892
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.4-2.532.50.19451358156.6
2.1-2.175284

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
QLDデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化

Baniso 13: -0 Å2 / Baniso 23: 0 Å2 / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

構造決定の手法解像度 (Å)Refine-IDBaniso 11 (Å2)Baniso 12 (Å2)Baniso 22 (Å2)Baniso 33 (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)減衰半径 (Å)VDWプローブ半径 (Å)Bsol (Å2)ksol (e/Å3)Biso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Num. reflection RworkOccupancy maxOccupancy minFOM work R setSU ML位相誤差
2.4-53.539NEUTRON DIFFRACTION-6.1343-0-1.7894-11.97740.25070.20730.21181290129001075.01100.770.921.1810.404
分子置換2.1-43.893X-RAY DIFFRACTION1.200705.2536-9.89850.20330.16630.1722922290010.0189.8921.360.650.8400.38995.7932.614312.0320608100.83770.319.72
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 43 174 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0165617
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.6519671
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1421496
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.175332
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.4-2.49610.36871020.316919NEUTRON DIFFRACTION1021955
2.4961-2.60970.32631100.283990NEUTRON DIFFRACTION1100959
2.6097-2.74730.30081180.25431052NEUTRON DIFFRACTION1170962
2.7473-2.91940.3011250.2311120NEUTRON DIFFRACTION1245967
2.9194-3.14480.241370.2171241NEUTRON DIFFRACTION1378972
3.1448-3.46120.25431520.18691381NEUTRON DIFFRACTION1533980
3.4612-3.96190.21391740.1731569NEUTRON DIFFRACTION1743991
3.9619-4.99110.2041810.16841611NEUTRON DIFFRACTION1792993
4.9911-53.55230.23091910.19321727NEUTRON DIFFRACTION1918993
2.1-2.17510.31382110.25051899X-RAY DIFFRACTION21101084
2.1751-2.26220.29942110.21431895X-RAY DIFFRACTION21061084
2.2622-2.36510.23292120.18451908X-RAY DIFFRACTION21201085
2.3651-2.48980.2372110.18311910X-RAY DIFFRACTION21211084
2.4898-2.64580.24252130.18781915X-RAY DIFFRACTION21281085
2.6458-2.850.23452220.17851982X-RAY DIFFRACTION22041087
2.85-3.13670.20252400.17782162X-RAY DIFFRACTION24021095
3.1367-3.59040.21922480.16812242X-RAY DIFFRACTION24901097
3.5904-4.52290.15242540.13082295X-RAY DIFFRACTION25491098
4.5229-43.90250.17262700.15312400X-RAY DIFFRACTION26701098

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る