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- PDB-3r90: Crystal structure of Malignant T cell-amplified sequence 1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r90
タイトルCrystal structure of Malignant T cell-amplified sequence 1 protein
要素Malignant T cell-amplified sequence 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / structural genomics consortium / surface entropy reduction / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


translation factor activity, non-nucleic acid binding / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / RNA cap binding / formation of translation preinitiation complex / ribosome disassembly / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfate adenylyltransferase - #20 / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / Sulfate adenylyltransferase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. ...Sulfate adenylyltransferase - #20 / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / Sulfate adenylyltransferase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malignant T-cell-amplified sequence 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Tong, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Malignant T cell-amplified sequence 1 protein
著者: Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Tong, Y. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Protein crystallization by surface entropy reduction: optimization of the SER strategy.
著者: Cooper, D.R. / Boczek, T. / Grelewska, K. / Pinkowska, M. / Sikorska, M. / Zawadzki, M. / Derewenda, Z.
履歴
登録2011年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malignant T cell-amplified sequence 1
B: Malignant T cell-amplified sequence 1
C: Malignant T cell-amplified sequence 1
D: Malignant T cell-amplified sequence 1
E: Malignant T cell-amplified sequence 1
F: Malignant T cell-amplified sequence 1
G: Malignant T cell-amplified sequence 1
H: Malignant T cell-amplified sequence 1
I: Malignant T cell-amplified sequence 1
J: Malignant T cell-amplified sequence 1
K: Malignant T cell-amplified sequence 1
L: Malignant T cell-amplified sequence 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,239212
ポリマ－255,74512
非ポリマー2,494200
水24,7531374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33300 Å2
ΔGint-552 kcal/mol
Surface area85590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.590, 115.590, 157.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細AS PER AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質
Malignant T cell-amplified sequence 1 / MCT-1 / Multiple copies T-cell malignancies


分子量: 21312.076 Da / 分子数: 12 / 変異: E137A, K139A, Q140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCTS1, MCT1 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ULC4
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 174 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.449
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法72.5M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
2932蒸気拡散法7Se-Met derivative. 2.5M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris propane, 2% PEG-3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97901
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.97944
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年2月25日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2011年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
20.979441
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 259245 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.989 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.740.8691.910756519130100
1.74-1.790.7182.310550218723100
1.79-1.840.5463.110285318224100
1.84-1.90.4343.89995217672100
1.9-1.960.3195.29722517170100
1.96-2.030.2297.39364216527100
2.03-2.110.189.19084816004100
2.11-2.190.14910.98727815374100
2.19-2.290.1312.38390714740100
2.29-2.40.1114.28020414108100
2.4-2.530.09715.97631113391100
2.53-2.690.08617.67266512749100
2.69-2.870.07419.86777511900100
2.87-3.10.05824.66278011063100
3.1-3.40.0528.4575231024199.9
3.4-3.80.04432.250656913799.8
3.8-4.390.04134.544470812699.6
4.39-5.380.0435.838201683999.4
5.38-7.60.04134.629919528599.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY STRUCTURE WAS SOLVED WITH SELENOMETHIONYL DERIVATIVE (RADIATION WAVELENGTH 0.97944A) IN PRIMITIVE TRICLINIC ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY STRUCTURE WAS SOLVED WITH SELENOMETHIONYL DERIVATIVE (RADIATION WAVELENGTH 0.97944A) IN PRIMITIVE TRICLINIC CRYSTAL FORM (A=78.58,B=87.17,92.19,ALPHA=80.36,BETA=85.03,GAMMA=89.12). ORIGINAL MODEL WAS GENERATED BY BUCCANEER. MOLECULAR REPLACEMENT INTO TRIGONAL CRYSTAL FORM WAS DONE WITH MOLREP. DIFFERENCE PEAKS IN ELECTRON DENSITY SUGGEST SOME MODIFICATION OF LYS-103-NZ. MODEL TRACE IN POOR ELECTRON DENSITY, PARTICULARLY CHAIN L, RESIDUES 23-25, 45-51 IS BASED ON NCS-RELATED MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 5105 1.97 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2015 ---
obs0.202 259167 99.924 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 63.88 Å2 / Biso mean: 16.874 Å2 / Biso min: 2.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.535 Å2-0.267 Å20 Å2
2---0.535 Å20 Å2
3---0.802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17050 0 305 1374 18729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02218249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0212106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.95924932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.225329987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91552390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25224.892740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.929153144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8311537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9511.511313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.54535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.678218433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59636936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2934.56406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.7920.2967750.292369913776999.992
1.792-1.90.2787160.252351513586999.994
1.9-2.0310.2545390.218330583359999.994
2.031-2.1930.2424840.202308783136499.994
2.193-2.4020.2424880.1972833028818100
2.402-2.6840.2287540.202253472610399.992
2.684-3.0970.2445580.207223942295599.987
3.097-3.7880.233200.182191001944299.887
3.788-5.3330.1882640.157147131504999.522
5.333-400.2212070.2098100839798.928

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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