PDB-3r84: Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r84

タイトル

Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22

要素

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

キーワード

TRANSCRIPTION / four-helix bundle / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seizl, M. / Lariviere, L. / Pfaffenender, T. / Wenzeck, L. / Cramer, P.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Mediator head subcomplex Med11/22 contains a common helix bundle building block with a specific function in transcription initiation complex stabilization.
著者: Seizl, M. / Lariviere, L. / Pfaffeneder, T. / Wenzeck, L. / Cramer, P.

履歴

登録	2011年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	458 4c8v-3 2om3-d 3ogi-1 2klr-d 3b8p-3 4c8v-1 1r8i-d 4c8v-2 5uae-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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登録構造単位

A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

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U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

W: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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249 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

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20.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

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3

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4

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5

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S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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11

U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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W: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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14

E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

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N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

O: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

T: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

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U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

W: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

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41.4 kDa, 4 ポリマー
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19

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.490, 173.790, 101.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11 分子量: 10129.381 Da / 分子数: 12 / 断片: Residues 21-105 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MED11, YM9718.11C, YMR112C / プラスミド: pET28b derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q99278
#2: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6 分子量: 10586.390 Da / 分子数: 12 / 断片: Residues 2-89 / Mutation: M27I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MED22, SRB6, YBR1721, YBR253W / プラスミド: pET28b derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P32570
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796, 0.9797, 0.9720

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月25日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9796	1
2	0.9797	1
3	0.972	1

反射

解像度: 2.05→100 Å / Num. all: 315134 / Num. obs: 315134 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1.05 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→66.04 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2084	15685	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1696	-	-	-
all	0.1715	315081	-	-
obs	0.1715	315081	98.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.837 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2537 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.0824 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1713 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→66.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15270	0	0	964	16234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	21165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.36	6189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2690

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.273	548	0.2401	9983	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0733-2.0977	0.301	515	0.2393	9983	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0977-2.1233	0.2667	496	0.2317	10072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1233-2.1502	0.2491	547	0.2204	9959	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1502-2.1784	0.2612	528	0.2103	9984	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1784-2.2083	0.2644	514	0.2011	10073	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2083-2.2398	0.2681	507	0.1898	9964	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2398-2.2733	0.2224	460	0.1787	10095	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2733-2.3088	0.21	506	0.1674	10088	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3088-2.3467	0.2293	482	0.179	9935	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3467-2.3871	0.2172	524	0.1848	9985	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3871-2.4305	0.2389	573	0.1865	10059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4305-2.4773	0.2169	565	0.1721	9929	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4773-2.5278	0.2174	551	0.1693	9981	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5278-2.5828	0.2053	561	0.1533	9922	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5828-2.6429	0.1946	461	0.1526	10096	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6429-2.709	0.2061	455	0.1628	10047	X-RAY DIFFRACTION	99
2.709-2.7822	0.227	572	0.1684	10022	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7822-2.8641	0.2147	549	0.1619	9952	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8641-2.9566	0.2039	523	0.1533	9987	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9566-3.0622	0.1861	568	0.1527	9923	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0622-3.1848	0.2066	475	0.1639	10043	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1848-3.3298	0.2087	530	0.1634	9944	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3298-3.5053	0.1979	477	0.1594	10010	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5053-3.7249	0.1932	524	0.1588	9975	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7249-4.0125	0.1752	489	0.1466	9977	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0125-4.4162	0.1813	493	0.1409	9888	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4162-5.055	0.16	543	0.1404	9878	X-RAY DIFFRACTION	98
5.055-6.368	0.2514	617	0.2114	9878	X-RAY DIFFRACTION	99
6.368-66.0738	0.192	532	0.1913	9764	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5733	-0.2801	-0.1907	0.6591	0.2671	0.1111	-0.0026	-0.0217	0.0495	0.0986	-0.0322	0.0458	0.1362	-0.0262	0.0022	0.1697	-0.0107	0.0221	0.1559	0.0073	0.1176	96.0057	-68.9278	40.3084
2	0.6528	-0.3207	-0.4807	0.1865	0.4555	0.8326	0.0047	0.1266	-0.0016	0.0956	0.0524	-0.0046	0.0887	0.0436	0.0682	0.1904	0.0099	-0.0198	0.1862	-0.0161	0.2006	119.1827	-65.0766	43.0353
3	0.7147	0.2056	-0.4567	0.4065	-0.1661	0.5234	-0.0108	0.0608	0.0441	-0.0123	0.0187	0.0233	0.1305	0.0725	-0	0.1733	0.0049	0.0044	0.2098	0.0144	0.1471	118.4083	-69.8283	13.8066
4	0.5198	0.2812	-0.3806	0.2916	-0.3738	1.0813	0.0433	-0.0112	0.0466	-0.0042	0.0346	0.0298	0.0503	-0.144	0	0.1904	-0.0058	0.0138	0.1601	0.0145	0.1785	96.0555	-69.3943	10.38
5	0.5827	0.4197	-0.0205	0.5754	0.1014	0.1325	-0.0319	-0.0135	0.0544	-0.0655	0.0072	-0.0198	0.0386	0.0327	-0	0.1583	0.0053	0.0038	0.1531	0.0293	0.1964	117.5992	-43.8524	-4.1964
6	0.2292	0.2171	0.0445	0.2492	-0.1903	0.1677	-0.0018	0.0275	-0.0942	-0.0364	-0.0108	-0.0126	-0.0583	-0.0233	-0.0006	0.1592	-0.0046	-0.0039	0.1512	-0.0169	0.1943	93.6158	-43.0883	-4.2738
7	0.0697	0.4102	0.2029	0.5024	0.669	1.1218	-0.0158	-0.0572	0.0398	-0.1023	0.0237	0.0564	-0.0966	0.156	0.0313	0.1825	-0.0279	-0.0084	0.1817	-0.0024	0.167	115.1571	-16.0197	8.1536
8	0.7288	0.1731	0.1831	0.3146	0.2642	0.2805	0.0064	0.0433	-0.0966	-0.0532	-0.0103	-0.0226	-0.1215	-0.0731	0.0011	0.1913	-0.0249	-0.038	0.1948	0.014	0.1468	92.1108	-15.3293	10.6034
9	0.4774	-0.2252	0.4752	0.6174	-0.336	0.6229	-0.0527	-0.091	-0.019	-0.0043	0.016	-0.0187	-0.1021	0.0593	0.0001	0.1985	-0.0234	-0.0066	0.2512	0.0146	0.1476	114.4477	-12.2714	37.7895
10	0.32	0.064	0.344	0.097	0.0038	0.927	-0.0775	0.0228	0.0441	-0.0074	0.0637	0.0275	-0.1149	-0.0902	0.0045	0.1411	-0.0046	-0.0253	0.1305	0.0158	0.1385	90.5964	-15.9279	40.0932
11	0.4138	-0.4088	0.0595	0.742	0.2673	0.0974	0.0212	-0.0155	0.0134	0.023	0.0148	-0.0875	-0.0144	-0.0164	0.0102	0.1153	-0.0056	-0.0006	0.117	0.0221	0.1476	116.3288	-37.2387	55.219
12	0.612	-0.3981	-0.1658	0.7434	0.0343	0.0542	0.0212	0.0444	0.03	0.0736	-0.0308	0.0504	0.0685	-0.0212	0.0026	0.1451	-0.0166	0.0022	0.1594	-0.002	0.1727	94.7662	-43.2205	55.593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A or chain B)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C or chain D)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain E or chain F)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain G or chain H)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain I or chain J)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain K or chain L)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain M or chain N)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain O or chain P)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain Q or chain R)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain S or chain T)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain U or chain V)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain W or chain X)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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