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万見
- PDB-3r7p: The crystal structure of I-LtrI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r7p
タイトルThe crystal structure of I-LtrI
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
  • Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Homing endonuclease / Gene therapy / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / ribosome / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptographium truncatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Mak, A.N.S. / Takeuchi, R. / Edgell, D.R. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tapping natural reservoirs of homing endonucleases for targeted gene modification.
著者: Takeuchi, R. / Lambert, A.R. / Mak, A.N. / Jacoby, K. / Dickson, R.J. / Gloor, G.B. / Scharenberg, A.M. / Edgell, D.R. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32013年4月3日Group: Structure summary
改定 1.42015年1月21日Group: Database references
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,66910
ポリマ－52,5175
非ポリマー1525
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.089, 42.595, 103.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein


分子量: 36015.234 Da / 分子数: 1 / 断片: I-LtrI (UNP Residues 398-712) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptographium truncatum (菌類) / 遺伝子: rps3/HEG fusion / プラスミド: pET-200-D-Topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL (DE3) / 参照: UniProt: C7SWF3, deoxyribonuclease I

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DNA鎖 , 4種, 4分子 BCDE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4913.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3413.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4512.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic

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非ポリマー , 3種, 48分子

#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M MgCl2, 20% PEG 3500, 1mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.29 Å / Num. all: 12740 / Num. obs: 12060 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 356.5 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1248 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QQY

3qqy


解像度: 2.704→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 32.274 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26952 679 5.3 %RANDOM
Rwork0.19213 ---
obs0.19622 12060 98.58 %-
all-12740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20.25 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2356 1103 5 43 3507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3372.3475127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8465290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8924.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.82815462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8731516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3011.51448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59222353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.81932181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3064.52774
LS精密化 シェル解像度: 2.704→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 55 -
Rwork0.269 802 -
obs-1248 90.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0212-0.541-1.36440.99680.50941.7347-0.02450.0190.0364-0.04110.0588-0.01740.01490.1204-0.03430.0755-0.0104-0.08220.09670.02240.096218.52811.75428.307
25.4845-0.4733-2.90760.65550.32832.3616-0.03220.42070.1941-0.01130.0837-0.01830.0812-0.1036-0.05150.06120.0101-0.05210.13870.01480.064815.77211.67219.043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION2C17 - 27
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION2E16 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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