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- PDB-3r6m: Crystal structure of Vibrio parahaemolyticus YeaZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r6m
タイトルCrystal structure of Vibrio parahaemolyticus YeaZ
要素YeaZ, resuscitation promoting factor
キーワードHYDROLASE / Actin/Hsp70 nucleotide-binding fold / bacterial resuscitation / viable but non-culturable state / resuscitation promoting factor / YgjD / YjeE / Vibrio parahaemolyticus
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Aydin, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
著者: Aydin, I. / Saijo-Hamano, Y. / Namba, K. / Thomas, C. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2011年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YeaZ, resuscitation promoting factor
B: YeaZ, resuscitation promoting factor
C: YeaZ, resuscitation promoting factor
D: YeaZ, resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2424
ポリマ－91,2424
非ポリマー00
水00
1
A: YeaZ, resuscitation promoting factor
D: YeaZ, resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6212
ポリマ－45,6212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
2
B: YeaZ, resuscitation promoting factor
C: YeaZ, resuscitation promoting factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6212
ポリマ－45,6212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.733, 63.844, 82.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 213 / Label seq-ID: 2 - 213

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
YeaZ, resuscitation promoting factor


分子量: 22810.561 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 2-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: NCTC 10884 / 遺伝子: VP0866, YeaZ / プラスミド: pET21bRPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87RD1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 mM lithium acetate dihydrate, 30 mM Tris HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→79.489 Å / Num. all: 13608 / Num. obs: 13608 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.1-3.272.40.2932.6469819620.29390.9
3.27-3.472.50.1724.4475919310.17294.5
3.47-3.712.50.1275.5451718210.12794.3
3.71-42.50.0946.8411416620.09493.8
4-4.382.50.078.7373315060.0793.1
4.38-4.92.50.0579.8348413810.05792.5
4.9-5.662.50.05410.5300911970.05492
5.66-6.932.50.0511.5255710190.0591.1
6.93-9.82.50.04712.118877500.04789.2
9.8-49.7772.30.0578.88903790.05778.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GEL

2gel


解像度: 3.1→79.489 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 64.537 / SU ML: 0.532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.664 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2939 687 5.1 %RANDOM 5%
Rwork0.2387 ---
obs0.2415 13599 89.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 228.56 Å2 / Biso mean: 96.4599 Å2 / Biso min: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å20 Å2-0.61 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→79.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6162 0 0 0 6162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9598567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3335844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.8624.857245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.12715919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1141533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.54200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96326661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13432066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9534.51906
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A848TIGHT POSITIONAL0.040.05
2B848TIGHT POSITIONAL0.050.05
3C848TIGHT POSITIONAL0.050.05
4D848TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A691MEDIUM POSITIONAL0.050.5
2B691MEDIUM POSITIONAL0.050.5
3C691MEDIUM POSITIONAL0.050.5
4D691MEDIUM POSITIONAL0.050.5
1A848TIGHT THERMAL0.070.5
2B848TIGHT THERMAL0.080.5
3C848TIGHT THERMAL0.070.5
4D848TIGHT THERMAL0.080.5
1A691MEDIUM THERMAL0.082
2B691MEDIUM THERMAL0.12
3C691MEDIUM THERMAL0.082
4D691MEDIUM THERMAL0.092
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 54 -
Rwork0.288 912 -
all-966 -
obs--86.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.73452.6159-5.67156.1429-3.935812.30250.23540.1492-0.2769-0.3136-0.3361-0.23110.83780.45180.10060.3070.295-0.05840.4955-0.02890.476955.6097.56426.651
28.3111-2.77425.72366.1434-3.816611.41280.2522-0.340.43240.268-0.3231-0.2135-0.69190.21280.07080.2904-0.3013-0.04630.5253-0.06530.470555.71522.53152.72
313.18676.83083.98287.40224.31886.35930.5823-1.1573-1.78511.023-0.5446-0.73780.4837-0.2462-0.03770.5199-0.1371-0.12210.60910.3420.758943.158-7.92865.607
411.115.1518-2.92817.1824-3.18935.36590.3279-0.64311.3830.7424-0.34650.2724-0.42560.09650.01860.482-0.105-0.04660.5049-0.23940.671417.6996.03365.728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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