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- PDB-3r5z: Structure of a Deazaflavin-dependent reductase from Nocardia farc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5z
タイトルStructure of a Deazaflavin-dependent reductase from Nocardia farcinica, with co-factor F420
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / split barrel-like fold / DUF385 / deazaflavin-dependent reductase / F420-dependent reductase / FDR / F420
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia farcinica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.503 Å
データ登録者Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayya, A. / Lee, Y.S. ...Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayya, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of Ddn, the deazaflavin-dependent nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis involved in bioreductive activation of PA-824.
著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. ...著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
履歴
登録2011年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3085
ポリマ－32,6652
非ポリマー1,6433
水4,342241
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1062
ポリマ－16,3321
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2023
ポリマ－16,3321
非ポリマー8702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.704, 56.939, 66.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 16332.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardia farcinica (バクテリア) / 遺伝子: NFA_18080 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5YYT7
#2: 化合物 ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420


分子量: 773.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N5O18P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 2000, 0.1M acetate, 0.2M (NH4)2SO4 with equimolar protein and co-factor, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 42118 / Num. obs: 42118 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.198 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.551.80.4731.55936480.86782.1
1.55-1.6220.4361.86939980.93489
1.62-1.692.20.3762.5442031.18593.5
1.69-1.782.40.3513.38343012.22696
1.78-1.892.50.2625.43243842.06297.2
1.89-2.042.60.1679.70543802.10297.7
2.04-2.242.60.11814.97443752.45897.3
2.24-2.562.50.09519.70543352.73696
2.56-3.232.40.06527.72442183.2893.1
3.23-502.30.03637.80342762.94792.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.77 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.42 Å
Translation2.5 Å42.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3R5Y

3r5y


解像度: 1.503→37.515 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8802 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: CCP4 monomer library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1967 5.05 %random
Rwork0.1662 ---
obs0.1675 38957 86.2 %-
all-38975 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.589 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.36 Å2 / Biso mean: 21.3403 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1172 Å2-0 Å21.8438 Å2
2---1.3982 Å20 Å2
3----3.719 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.503→37.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 111 241 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.493346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.733896
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.503-1.55670.25731660.242327732939293966
1.5567-1.61910.28031760.212732073383338376
1.6191-1.69270.21211710.191834993670367081
1.6927-1.7820.25591950.180936123807380784
1.782-1.89360.19561860.166937883974397488
1.8936-2.03980.18642130.154739894202420293
2.0398-2.24510.18572180.149440354253425394
2.2451-2.56990.19072100.15840584268426894
2.5699-3.23750.18622150.163639814196419692
3.2375-37.52630.16382170.153740484265426592
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1895 Å / Origin y: 16.0503 Å / Origin z: 14.6961 Å
111213212223313233
T0.0031 Å20.0076 Å2-0.0038 Å2-0.0127 Å2-0.0056 Å2--0.0041 Å2
L0.3461 °20.0102 °2-0.0899 °2-0.6008 °2-0.2864 °2--0.8322 °2
S-0.0162 Å °-0.0283 Å °0.0165 Å °0.0204 Å °0.007 Å °0.017 Å °0.0119 Å °-0.0206 Å °0.0087 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 144
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 144
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 145
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 145
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 146
6X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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