PDB-3r5s: Crystal structure of apo-ViuP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r5s

タイトル

Crystal structure of apo-ViuP

要素

Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Iron-vibriobactin transport protein / Periplasmic transport protein

機能・相同性

ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Fe2+-enterobactin ABC transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.791 Å

データ登録者

Li, N. / Zhang, C. / Li, B. / Liu, X. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Unique iron coordination in iron-chelating molecule vibriobactin helps Vibrio cholerae evade mammalian siderocalin-mediated immune response.
著者: Li, N. / Zhang, C. / Li, B. / Liu, X. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.

履歴

登録	2011年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r5s.cif.gz	76.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r5s.ent.gz	59.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r5s_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r5s_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	3r5s_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	3r5s_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/3r5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/3r5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g9a-d 4f9w-d 4kin-2 3ttk-1 5umu-1 3hei-7 2puu-d 3mpa-d 3myu-1 2yvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.925, 61.068, 66.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-520- HOH

#1: タンパク質	Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein / Periplasmic binding protein 分子量: 34251.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: viuP, VC_0776 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCF6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein / Periplasmic binding protein

分子量: 34251.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: viuP, VC_0776 / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCF6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日

放射

モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 49200 / Num. obs: 49200 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 27.56

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.79-1.85	3.3	0.251	3.98	4404	0.251	88.2
3.86-50	3.8	0.021	55.462	4967	0.021	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.791→33.119 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2132	3731	7.98 %	Random
R_work	0.1766	-	-	-
all	0.1796	46783	-	-
obs	0.1796	46783	94.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.04 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9926 Å²	-0 Å²	-0.1963 Å²
2-	-	-1.9769 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.9843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.791→33.119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	0	344	2713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2420
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	3300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.149	882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	429

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7911-1.8138	0.2879	135	0.2456	1548	88
1.8138-1.8376	0.2585	129	0.2208	1559	94
1.8376-1.8628	0.2633	144	0.2023	1560	94
1.8628-1.8894	0.2242	137	0.1998	1573	93
1.8894-1.9176	0.3824	118	0.2678	1262	76
1.9176-1.9476	0.2435	102	0.201	1347	80
1.9476-1.9795	0.21	160	0.1608	1587	94
1.9795-2.0136	0.1883	100	0.1511	1637	97
2.0136-2.0502	0.225	153	0.1758	1589	92
2.0502-2.0897	0.3724	135	0.2519	1380	85
2.0897-2.1323	0.1953	139	0.1625	1647	97
2.1323-2.1787	0.1996	123	0.164	1674	99
2.1787-2.2293	0.2643	150	0.1792	1501	92
2.2293-2.2851	0.2639	126	0.2279	1474	88
2.2851-2.3468	0.2194	134	0.1667	1700	99
2.3468-2.4159	0.2062	153	0.1676	1673	99
2.4159-2.4938	0.1865	161	0.1607	1638	99
2.4938-2.5829	0.2156	117	0.176	1696	99
2.5829-2.6863	0.2186	168	0.1816	1601	99
2.6863-2.8085	0.202	135	0.1737	1673	99
2.8085-2.9565	0.2195	149	0.1797	1692	100
2.9565-3.1416	0.1948	137	0.1723	1672	100
3.1416-3.3839	0.1881	142	0.1689	1677	100
3.3839-3.724	0.195	149	0.1536	1676	100
3.724-4.262	0.141	140	0.143	1648	98
4.262-5.3659	0.1773	141	0.1503	1689	100
5.3659-33.1246	0.2035	154	0.1951	1679	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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