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- PDB-3r4d: Crystal structure of mouse coronavirus receptor-binding domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r4d
タイトルCrystal structure of mouse coronavirus receptor-binding domain complexed with its murine receptor
要素
  • CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S
  • Spike glycoprotein
キーワードCELL ADHESION/VIRAL PROTEIN / immunoglobulin / beta-sandwich / mCEACAM1a - immunoglobulin fold MHV spike NTD - galectin-like beta-sandwich fold / mCEACAM1a - cell adhesion MHV spike NTD - mCEACAM1a binding / mCEACAM1a - itself and MHV spike NTD MHV spike NTD - mCEACAM1a / N-glycosylations / mCEACAM1a - 37 / 55 / 70 MHV spike NTD - 192 / CELL ADHESION-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Fibronectin matrix formation / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / positive regulation of homophilic cell adhesion / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis ...Fibronectin matrix formation / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / positive regulation of homophilic cell adhesion / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / insulin catabolic process / Cell surface interactions at the vascular wall / common myeloid progenitor cell proliferation / Toll-like receptor binding / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / positive regulation of vasculogenesis / bile acid transmembrane transporter activity / regulation of immune system process / negative regulation of platelet aggregation / cell-cell junction organization / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of bone resorption / wound healing, spreading of cells / bile acid and bile salt transport / ciliary membrane / negative regulation of cytokine production / microvillus membrane / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / negative regulation of osteoclast differentiation / lateral plasma membrane / negative regulation of T cell proliferation / transport vesicle / Neutrophil degranulation / protein tyrosine kinase binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / regulation of cell growth / adherens junction / negative regulation of protein kinase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / cell junction / virus receptor activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / protein dimerization activity / calmodulin binding / cell adhesion / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein kinase binding / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, N-terminal domain / : / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain ...Spike glycoprotein, N-terminal domain / : / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Jelly Rolls / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S / Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Murine coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Peng, G.Q. / Sun, D.W. / Rajashankar, K.R. / Qian, Z.H. / Holmes, K.V. / Li, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of mouse coronavirus receptor-binding domain complexed with its murine receptor.
著者: Peng, G. / Sun, D. / Rajashankar, K.R. / Qian, Z. / Holmes, K.V. / Li, F.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.32020年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_name_com ...chem_comp / entity_name_com / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _entity_name_com.entity_id ..._chem_comp.type / _entity_name_com.entity_id / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S
B: Spike glycoprotein
C: CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,10412
ポリマ－111,9284
非ポリマー2,1768
水1,22568
1
A: CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0526
ポリマ－55,9642
非ポリマー1,0884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0526
ポリマ－55,9642
非ポリマー1,0884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.380, 76.380, 942.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 CEA-related cell adhesion molecule 1, isoform 1/2S


分子量: 23678.691 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 35-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ceacam1, CEACAM1a-2S / プラスミド: pFactbac I / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3LFS8, UniProt: P31809*PLUS
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 32285.479 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 15-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Murine coronavirus (ウイルス) / プラスミド: pFactbac I / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: S5ZBM1, UniProt: Q9J3E7*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG6000 and 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97914
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 33862 / % possible obs: 96.1 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3-3.057.66.280.32196.5
3.05-3.11197.7
3.11-3.17199.1
3.17-3.23199.6
3.23-3.3199.5
3.3-3.38199.1
3.38-3.46199.1
3.46-3.56199
3.56-3.66198.9
3.66-3.78199.1
3.78-3.91198.6
3.91-4.07198.8
4.07-4.26197.3
4.26-4.48196
4.48-4.76195.1
4.76-5.13194.2
5.13-5.64195.8
5.64-6.46194.9
6.46-8.13194.6
8.13-50175.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.764 / SU B: 46.905 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30819 1538 5 %RANDOM
Rwork0.24787 ---
obs-29024 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.772 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6774 0 140 68 6982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9669706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0575850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81924.241316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.646151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6461530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.54272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it026974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06832832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5734.52732
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル最高解像度: 3.1 Å / Num. reflection Rwork: 2154 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77022.6085-1.1535.6218-4.20299.8247-0.1702-0.29470.25430.00490.33870.0194-0.69870.8763-0.16850.91730.04490.05510.42270.08850.5799-24.009-30.30665.1583
23.58660.16670.244612.5208-4.56510.0283-0.11670.76420.6059-1.0080.08361.37470.0876-1.07730.03310.9505-0.2058-0.0460.68050.20340.9273-24.9211-18.5703-36.8798
32.92226.117-0.676612.8542-0.82368.3766-0.19370.053-0.1251-0.42760.09-0.26520.74890.27030.10371.05430.3455-0.010.37630.2210.4466-30.7161-50.192714.3241
43.11370.4268-1.53812.1738-2.02465.77090.06080.0885-0.0892-0.39530.0531-0.14580.2959-0.0085-0.11390.98320.2888-0.04740.24760.09860.4278-33.1821-56.609424.609
52.72250.8681-0.36894.992-1.46245.33250.0941-0.11740.0928-0.0198-0.0164-0.21560.0750.3526-0.07760.9770.379-0.04610.25890.12870.3651-33.1429-57.21230.02
63.36481.0071-0.26476.6223-3.19667.90610.19010.0212-0.34730.7379-0.133-0.21120.5236-0.3072-0.05710.9889-0.4941-0.02660.26570.05480.6136-0.6788-28.6715-73.3345
77.74993.4323-1.06510.294-0.21297.35820.2819-0.87590.08730.9088-0.3355-0.28360.4087-0.12290.05361.3896-0.460.00450.3580.0880.5242-18.4442-43.0386-35.6848
81.7999-0.8857-1.00620.9214-0.00385.16680.01980.44620.19690.5058-0.17960.10720.256-1.60920.15980.8672-0.39070.08560.65950.05880.4789-7.4486-11.2783-86.367
92.33640.2872-0.51462.0542-0.55565.4754-0.18910.36370.2350.0470.21030.1960.0619-0.777-0.02120.4569-0.32240.09290.40680.11780.4697-5.9481-5.113-97.2672
101.92371.2910.15042.5390.05254.8433-0.18610.41090.2171-0.19610.20380.028-0.2089-0.2865-0.01770.5051-0.37510.12240.44780.10040.4795-3.2439-4.0223-101.8464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3B15 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4B65 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5B163 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7C108 - 199
8X-RAY DIFFRACTION8D15 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9D65 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10D163 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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