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- PDB-3r44: Mycobacterium tuberculosis fatty acyl CoA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r44
タイトルMycobacterium tuberculosis fatty acyl CoA synthetase
要素fatty acyl CoA synthetase FADD13 (FATTY-ACYL-CoA SYNTHETASE)
キーワードLIGASE / acyl CoA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain-fatty-acid-CoA ligase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / fatty-acyl-CoA synthase activity / biological process involved in interaction with host / response to acidic pH / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / MALONATE ION / Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13 / Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Andersson, C.S. / Martinez Molina, D. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Mycobacterium tuberculosis Very-Long-Chain Fatty Acyl-CoA Synthetase: Structural Basis for Housing Lipid Substrates Longer than the Enzyme.
著者: Andersson, C.S. / Lundgren, C.A. / Magnusdottir, A. / Ge, C. / Wieslander, A. / Martinez Molina, D. / Hogbom, M.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fatty acyl CoA synthetase FADD13 (FATTY-ACYL-CoA SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4923
ポリマ－56,2341
非ポリマー2582
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.000, 57.000, 249.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

MLI

21A-505-

MLI

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要素

#1: タンパク質 fatty acyl CoA synthetase FADD13 (FATTY-ACYL-CoA SYNTHETASE) / Substrate--CoA ligase


分子量: 56234.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fadD13, MT3174, Rv3089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O53306, UniProt: P9WQ37*PLUS, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M Hepes, 20 mM Magnesium chloride, 23% (w/v) polyacrylic acid, 10mM Coenzyme A, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32 Å / Num. all: 41486 / Num. obs: 41486 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ULT

1ult


解像度: 1.8→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.436 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19925 2205 5 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1641 41486 97.34 %-
all-41486 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0.38 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3825 0 18 292 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.9675299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01836351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3815511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46423.311151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26415620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1841528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0341.52513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.311.51022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84624045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04731375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.934.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 177 -
Rwork0.237 2626 -
obs--85.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1840.41110.23250.86070.43911.45550.0163-0.03280.10210.02840.02480.1422-0.1407-0.1476-0.04110.130.00750.03320.02490.01390.1535-8.12124.59211.756
21.28280.3349-0.15390.64850.12961.3107-0.00320.01470.17670.09270.01760.0987-0.2031-0.0529-0.01440.1444-0.00280.03610.0144-0.01170.1404-2.53227.71613.535
30.85960.0715-0.47930.8631-0.74841.8703-0.0836-0.006-0.02170.02040.12460.06260.0583-0.0635-0.0410.1339-0.03050.02330.0314-0.00760.1207-7.7794.64113.986
43.3536-0.3929-0.2791.0043-0.42652.6227-0.1839-0.1406-0.2162-0.11090.04890.12380.49620.05990.1350.2476-0.04050.0950.0295-0.01370.1896-3.969-5.77117.25
51.4437-0.2745-0.66682.05780.2681.5474-0.09670.0015-0.14080.1895-0.04580.02930.18890.06350.14250.1313-0.0150.02330.04070.00220.090614.5365.48416.462
61.3231-0.6453-0.00952.96890.14181.04620.0064-0.06810.04140.20710.001-0.20330.05180.1892-0.00730.1227-0.03590.00490.0637-0.00940.096217.99714.6919.463
72.20040.9871-1.47154.9827-2.30733.8292-0.09250.02270.0227-0.2161-0.1146-0.24380.03010.24660.2070.13620.01960.0520.06180.01210.07217.3168.21139.878
81.59050.6189-0.57291.7853-0.58622.2607-0.0818-0.1347-0.16920.0131-0.0613-0.26540.0510.2860.1430.07990.03420.03510.08510.04240.111414.1153.50645.119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2A121 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3A189 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4A264 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5A299 - 344
6X-RAY DIFFRACTION6A345 - 396
7X-RAY DIFFRACTION7A397 - 438
8X-RAY DIFFRACTION8A439 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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