ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | HKL-3000 | | データ収集 | HKL-3000 | | 位相決定 | SHELXS | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | RESOLVE | | モデル構築 | SOLVE | | 位相決定 | ARP/wARP | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: dev_690)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | RESOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.302→45.609 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: throughput / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 507 | 4.77 % | random |
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Rwork | 0.208 | - | - | - |
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all | 0.225 | 10618 | - | - |
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obs | 0.225 | 10618 | 99.64 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.712 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.0245 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.0245 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 6.049 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.302→45.609 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1553 | 0 | 13 | 41 | 1607 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 1582 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.384 | 2124 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d20.972 | 611 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.083 | 231 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 277 | | | | | |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.7851 | -0.0983 | 0.278 | 1.034 | 0.1737 | 0.7464 | -0.0261 | 0.1065 | -0.0596 | -0.1182 | -0.0085 | -0.0017 | 0.0931 | -0.0305 | 0.0368 | 0.3511 | -0.0137 | 0.0035 | 0.3367 | -0.0271 | 0.2657 | -2.4613 | 67.6113 | 10.0689 | 2 | 0.1145 | 0.1219 | 0.1079 | 0.8378 | -0.1719 | 0.846 | 0.0248 | 0.0268 | -0.0383 | 0.1338 | -0.0437 | 0.0269 | 0.0355 | 0.0321 | 0.0057 | 0.3815 | -0.0018 | -0.0072 | 0.3957 | 0.011 | 0.3376 | 2.4444 | 67.7012 | 29.2108 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B | |
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