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- PDB-3r3p: Homing Endonuclease I-Bth0305I Catalytic Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r3p
タイトルHoming Endonuclease I-Bth0305I Catalytic Domain
要素Mobile intron protein
キーワードHYDROLASE / homing endonuclease
機能・相同性Domain of unknown function DUF559 / Protein of unknown function (DUF559) / Endonuclease; Chain A / VSR Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Mobile intron protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage 0305phi8-36 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Taylor, G.K. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Activity, specificity and structure of I-Bth0305I: a representative of a new homing endonuclease family.
著者: Taylor, G.K. / Heiter, D.F. / Pietrokovski, S. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mobile intron protein
B: Mobile intron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4722
ポリマ－24,4722
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
2
A: Mobile intron protein
B: Mobile intron protein

A: Mobile intron protein
B: Mobile intron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9444
ポリマ－48,9444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area6700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.292, 52.292, 133.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Mobile intron protein


分子量: 12235.967 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 167-266 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus phage 0305phi8-36 (ファージ)
遺伝子: ORF029, 0305phi8-36p029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7KV39
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 50 mM Tris, 100 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 9728 / Num. obs: 9728 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.2-2.24198.3
2.24-2.281100
2.28-2.321100
2.32-2.371100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→41.198 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 973 10 %
Rwork0.2158 --
obs0.2204 9727 96.82 %
all-10700 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.297 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0755 Å20 Å2-0 Å2
2--3.0755 Å20 Å2
3----6.151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 0 29 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4862238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.069618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2004-2.31640.3181230.25341108X-RAY DIFFRACTION88
2.3164-2.46150.30131360.23711220X-RAY DIFFRACTION97
2.4615-2.65150.28971360.23291222X-RAY DIFFRACTION97
2.6515-2.91830.28151370.2241241X-RAY DIFFRACTION97
2.9183-3.34040.27581410.23381260X-RAY DIFFRACTION99
3.3404-4.20790.27211430.1951298X-RAY DIFFRACTION99
4.2079-41.20520.21411570.2051405X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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