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万見
- PDB-5kqj: Solution Structure of Antibiotic-Resistance Factor ANT(2'')-Ia Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kqj
タイトルSolution Structure of Antibiotic-Resistance Factor ANT(2'')-Ia Reveals Substrate-Regulated Conformation Dynamics
要素2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Antibiotic resistance / aminoglycoside
機能・相同性
機能・相同性情報


gentamicin 2''-nucleotidyltransferase / aminoglycoside 2''-nucleotidyltransferase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bacot-Davis, V.R. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Effect of solvent and protein dynamics in ligand recognition and inhibition of aminoglycoside adenyltransferase 2′′-Ia.
著者: Bacot-Davis, V.R. / Bassenden, A.V. / Sprules, T. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42018年8月8日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9651
ポリマ－20,9651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 15back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer as determined by Kinetic Assay

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要素

#1: タンパク質 2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase / AAD(2'') / Gentamicin 2''-nucleotidyltransferase / Gentamicin resistance protein


分子量: 20964.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aadB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AE05, gentamicin 2''-nucleotidyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HNCA
161isotropic23D HN(CA)CB
171isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HN(CO)CA
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic23D H(CCO)NH
1111isotropic23D C(CO)NH
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1131isotropic23D 1H-13C NOESY
1141isotropic32D 1H-15N HSQC
1151isotropic32D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ANT(2'')-Ia, 90% H2O/10% D2O
詳細: 0.5 mM ANT(2'')-Ia / Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: ANT(2'')-Ia / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: 10 mM Na2HPO4, pH 7.0, 0.04% NaN3, 10 mM DTT / イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PONDEROSA-C/SLee W, Kim JH, Westler WM, Markley JL (2011) PONDEROSA, an automated 3D-NOESY peak picking program, enables automated protein structure determination. Bioinformatics 27: 1727-1728peak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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