PDB-3r2v: Crystal structure of polymerase basic protein 2 E538-R753 from In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r2v

タイトル

Crystal structure of polymerase basic protein 2 E538-R753 from Influenza A virus A/Yokohama/2017/03 H3N2

要素

PB2 C-terminal subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Influenza / flu / polymerase basic / PB2 / H3N2 / H1N1 / H5N1 / virus / 2003 avian flu outbreak

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification.
著者: Smith, E.R. / Begley, D.W. / Anderson, V. / Raymond, A.C. / Haffner, T.E. / Robinson, J.I. / Edwards, T.E. / Duncan, N. / Gerdts, C.J. / Mixon, M.B. / Nollert, P. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.

履歴

登録	2011年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r2v.cif.gz	94.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r2v.ent.gz	70.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r2v_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r2v_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	3r2v_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	3r2v_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vy6S 3kc6 3khw 3l56 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wcd-d 3mle-3 4qan-1 3cr7-1 4ik5-d 6r4y-d 3zxb-d 5tzk-d 5deo-2 5gj4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: InvaB.07055.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PB2 C-terminal subunit

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PB2 C-terminal subunit

ヘテロ分子

A: PB2 C-terminal subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.810, 106.540, 33.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PB2 C-terminal subunit 分子量: 24242.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Yokohama/2017/03(H3N2) / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Z275*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: InvaB.07055.c.D17 PD00118 at 24.51 mg/mL against 0.1 M MIB pH 6.0, 25% PEG 1500, 100 mM NaI, crystal tracking ID 220930b6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection	数: 247531 / R_merge(I) obs: 0.032 / D res high: 1.3 Å / Num. obs: 86116 / % possible obs: 95.9
Diffraction reflection shell	最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.33 Å / Num. obs: 5535 / % possible obs: 83.4 % / R_merge(I) obs: 0.291
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 47417 / Num. obs: 46293 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.242 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.66
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. measured obs: 9189 / Num. unique all: 3441 / Num. unique obs: 2983 / % possible all: 86.7

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

Phasing MAD

D res high: 1.3 Å / D res low: 29.47 Å / FOM : 0.787 / FOM acentric: 0.796 / FOM centric: 0.714 / 反射: 46104 / Reflection acentric: 39756 / Reflection centric: 4582

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.78-29.47	0.609	0.781	0.439	110	44	57
6.35-8.78	0.747	0.836	0.553	258	164	84
5.23-6.35	0.793	0.855	0.652	339	238	91
4.55-5.23	0.858	0.891	0.784	389	282	91
4.08-4.55	0.866	0.914	0.672	416	325	78
3.73-4.08	0.866	0.908	0.723	469	364	85
3.45-3.73	0.871	0.895	0.797	542	424	97
3.23-3.45	0.847	0.872	0.748	569	462	98
3.05-3.23	0.856	0.886	0.712	581	481	88
2.9-3.05	0.856	0.877	0.765	652	532	103
2.76-2.9	0.883	0.885	0.888	652	540	97
2.65-2.76	0.865	0.891	0.72	692	580	92
2.54-2.65	0.849	0.879	0.69	723	606	96
2.45-2.54	0.864	0.88	0.76	755	640	101
2.37-2.45	0.848	0.864	0.741	755	638	95
2.29-2.37	0.86	0.872	0.785	800	686	96
2.23-2.29	0.848	0.875	0.8	769	599	81
2.16-2.23	0.829	0.849	0.714	860	728	101
2.11-2.16	0.834	0.848	0.705	848	728	91
2.05-2.11	0.825	0.841	0.709	897	765	101
2-2.05	0.833	0.848	0.699	912	791	97
1.96-2	0.818	0.828	0.728	905	793	92
1.91-1.96	0.786	0.8	0.717	969	811	98
1.87-1.91	0.787	0.799	0.742	939	808	88
1.84-1.87	0.801	0.809	0.738	994	883	98
1.8-1.84	0.78	0.787	0.675	1001	887	91
1.77-1.8	0.777	0.786	0.696	1001	888	94
1.74-1.77	0.786	0.792	0.719	1063	939	106
1.71-1.74	0.803	0.808	0.721	1034	936	77
1.68-1.71	0.78	0.782	0.736	1077	957	97
1.65-1.68	0.806	0.809	0.762	1101	974	101
1.62-1.65	0.779	0.786	0.703	1122	992	101
1.6-1.62	0.77	0.774	0.706	1093	981	86
1.58-1.6	0.767	0.771	0.721	1188	1044	108
1.55-1.58	0.757	0.76	0.699	1143	1026	84
1.53-1.55	0.766	0.773	0.677	1160	1029	96
1.51-1.53	0.759	0.763	0.723	1203	1066	99
1.49-1.51	0.772	0.779	0.704	1212	1081	93
1.47-1.49	0.744	0.747	0.712	1213	1081	83
1.45-1.47	0.759	0.766	0.678	1227	1091	103
1.44-1.45	0.75	0.757	0.66	1265	1119	94
1.42-1.44	0.75	0.756	0.673	1261	1121	96
1.4-1.42	0.745	0.743	0.733	1267	1111	85
1.39-1.4	0.739	0.747	0.622	1268	1114	97
1.37-1.39	0.737	0.736	0.726	1313	1140	91
1.36-1.37	0.748	0.749	0.732	1238	1101	83
1.34-1.36	0.753	0.755	0.73	1237	1070	91
1.33-1.34	0.746	0.747	0.737	1234	1064	84
1.31-1.33	0.727	0.731	0.708	1217	1038	83
1.3-1.31	0.713	0.714	0.62	1171	994	63

Phasing MR

R_factor: 43.78 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.42 Å
Translation	2.5 Å	47.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換
開始モデル: PDB entry 2VY6

2vy6

解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.2141 / WR_factor R_work: 0.1832 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.8876 / SU B: 1.622 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.0583 / SU R_free: 0.0554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2094	2293	5 %	RANDOM
R_work	0.1802	-	-	-
obs	0.1816	46148	97.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.78 Å² / B_iso mean: 17.4682 Å² / B_iso min: 6.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1477	0	15	211	1703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.97	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.293	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.175	23.279	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.757	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.564	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.214	1.5	967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.984	2	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.592	3	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.812	4.5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.199	3	1528

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	154	-
R_work	0.253	2817	-
all	-	2971	-
obs	-	-	86.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0062	-0.4679	1.0669	1.4519	-1.1567	2.4694	0.0029	0.013	-0.013	0.0802	-0.0558	-0.1009	-0.1261	0.1982	0.0529	0.0281	-0.024	-0.012	0.0307	0.0075	0.0106	-4.1524	19.0191	-8.0695
2	0.7014	-0.0386	0.0435	0.6068	-0.1303	0.6479	0.0122	0.086	-0.0537	-0.0372	-0.0243	-0.0048	-0.0137	0.066	0.0121	0.0203	-0.0029	-0.001	0.0172	-0.0049	0.0047	-11.8084	13.7269	-17.9354
3	0.3804	-0.2745	0.174	1.421	-0.0778	0.5593	0.0076	-0.0213	-0.073	0.0579	0.0022	0.0668	-0.0047	0.0099	-0.0098	0.0233	-0.0049	-0.0053	0.0047	0.0056	0.0163	-14.6477	8.3486	-11.2955
4	0.9803	0.1281	0.6462	0.2526	-0.0384	0.6544	-0.0068	-0.12	-0.0514	0.0562	0.0421	0.056	-0.0933	-0.0643	-0.0353	0.0477	0.0001	0.0074	0.0433	0.0236	0.0266	-17.636	16.652	-4.031
5	2.7428	0.1062	-0.2926	1.6766	-0.5903	1.5482	0.0187	-0.0587	-0.162	0.0333	0.1034	0.2331	-0.0396	-0.2113	-0.1221	0.0013	0.0053	0.0047	0.0328	0.0264	0.0462	-36.3578	11.1484	-13.1462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	541 - 563
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	564 - 610
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	611 - 645
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	646 - 697
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	698 - 738

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)