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- PDB-3r2j: Crystal Structure of PnC1 from L. infantum in complex with nicotinate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2j
タイトルCrystal Structure of PnC1 from L. infantum in complex with nicotinate
要素Alpha/beta-hydrolase-like protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase-like / nicotinamidase / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridine nucleotide biosynthetic process / nicotinamidase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID / nicotinamidase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Gazanion, E. / Garcia, D. / Guichou, J.-F. / Labesse, G. / Sereno, D. / Vergnes, B.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: The Leishmania nicotinamidase is essential for NAD(+) production and parasite proliferation.
著者: Gazanion, E. / Garcia, D. / Silvestre, R. / Gerard, C. / Guichou, J.F. / Labesse, G. / Seveno, M. / Cordeiro-Da-Silva, A. / Ouaissi, A. / Sereno, D. / Vergnes, B.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta-hydrolase-like protein
B: Alpha/beta-hydrolase-like protein
C: Alpha/beta-hydrolase-like protein
D: Alpha/beta-hydrolase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,01214
ポリマ－96,1874
非ポリマー82510
水2,144119
1
A: Alpha/beta-hydrolase-like protein
B: Alpha/beta-hydrolase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5067
ポリマ－48,0942
非ポリマー4125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
2
C: Alpha/beta-hydrolase-like protein
D: Alpha/beta-hydrolase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5067
ポリマ－48,0942
非ポリマー4125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.386, 123.386, 114.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 18 - 214 / Label seq-ID: 27 - 223

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Alpha/beta-hydrolase-like protein


分子量: 24046.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: LinJ01.0460 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4HRG8, nicotinamidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.7 M NaCitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979138 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→123.37 Å / Num. all: 28874 / Num. obs: 28817 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 96.3
反射 シェル解像度: 2.64→2.7 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 18.1 / Rsym value: 0.835 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GBC

3gbc
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.68→57.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 37.438 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29789 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.21355 ---
obs0.21775 23896 98.56 %-
all-24262 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.181 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→57.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5899 0 42 119 6060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9348257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6855792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04524.104251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.74515882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7751528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3071.53929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59226272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89132131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4494.51985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A788medium positional0.270.5
B788medium positional0.390.5
C788medium positional0.280.5
D788medium positional0.30.5
A667loose positional0.685
B667loose positional0.835
C667loose positional0.635
D667loose positional0.645
A788medium thermal0.312
B788medium thermal0.322
C788medium thermal0.282
D788medium thermal0.32
A667loose thermal0.4510
B667loose thermal0.4710
C667loose thermal0.4510
D667loose thermal0.4810
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 100 -
Rwork0.384 1672 -
obs--96.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24281.14560.69254.14240.78293.38910.03810.2958-0.0809-0.50190.0417-0.26380.26280.2968-0.07980.110.04620.04910.04860.03340.084538.00612.51316.934
24.2942-0.21170.55862.534-0.34552.13210.1551-0.2409-0.01380.124-0.04760.30720.0448-0.2301-0.10760.1017-0.00020.0640.06120.02330.096923.9426.78539.014
32.72761.330.49193.4709-0.062.29860.00090.2153-0.0277-0.4949-0.038-0.21520.05730.25430.03710.10770.02570.01550.04640.02560.06599.76774.90719.873
42.7257-0.36710.85671.7532-0.12163.6175-0.0691-0.2831-0.01060.1272-0.00530.2448-0.0589-0.34760.07430.0571-0.02410.01680.0649-0.00140.093185.92469.80342.35
50.55540.94630.0220.6169-0.080.532-0.18780.02480.0659-0.2513-0.0258-0.06610.0173-0.12420.21370.19570.0051-0.08970.1779-0.00080.254570.62730.71553.528
60.06940.15650.04920.34270.0432-0.0934-0.056-0.03530.0403-0.06720.0290.04570.005-0.00090.0270.1654-0.0273-0.00560.0914-0.00880.12160.64241.15131.157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5B321
6X-RAY DIFFRACTION5D321
7X-RAY DIFFRACTION6A401 - 427
8X-RAY DIFFRACTION6B401 - 435
9X-RAY DIFFRACTION6C401 - 431
10X-RAY DIFFRACTION6D401 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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