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- PDB-3r1w: Crystal structure of a carbonic anhydrase from a crude oil degrad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1w
タイトルCrystal structure of a carbonic anhydrase from a crude oil degrading psychrophilic library
要素carbonic anhydrase
キーワードLYASE / BETA-HELIX / CARBONIC ANHYDRASE
機能・相同性Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Petit, P. / Xu, X. / Cui, H. / Brown, G. / Dong, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a carbonic anhydrase from a crude oil degrading psychrophilic library
著者: Petit, P. / Xu, X. / Cui, H. / Brown, G. / Dong, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carbonic anhydrase
B: carbonic anhydrase
C: carbonic anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4203
ポリマ－61,4203
非ポリマー00
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.071, 89.943, 54.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 carbonic anhydrase


分子量: 20473.432 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義)
解説: Isolated from a crude oil degrading psychrophilic library
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-NaCitrate, 0.2M NaCl, 25%PEG3350. 1/70 Trypsin, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月23日 / 詳細: MSC/Yale double focusing mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→36.96 Å / Num. obs: 50561 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 6497 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1V67

1v67


解像度: 1.73→34.657 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1894 2539 5.07 %RANDOM
Rwork0.1574 ---
obs0.159 50098 92.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.333 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8549 Å20 Å2-0.2731 Å2
2--1.4808 Å2-0 Å2
3---0.3741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→34.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4071 0 0 462 4533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1065629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5771495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.76550.2445920.18881909X-RAY DIFFRACTION67
1.7655-1.80160.27681380.18162521X-RAY DIFFRACTION89
1.8016-1.84080.21251340.17582539X-RAY DIFFRACTION90
1.8408-1.88360.21051260.15542611X-RAY DIFFRACTION91
1.8836-1.93070.19941290.14952593X-RAY DIFFRACTION91
1.9307-1.98290.19771440.14842601X-RAY DIFFRACTION92
1.9829-2.04120.20351430.14612627X-RAY DIFFRACTION93
2.0412-2.10710.19671690.15422648X-RAY DIFFRACTION94
2.1071-2.18240.19031170.14952696X-RAY DIFFRACTION94
2.1824-2.26980.18731410.15422677X-RAY DIFFRACTION94
2.2698-2.3730.18871500.15562689X-RAY DIFFRACTION94
2.373-2.49810.19451710.15652695X-RAY DIFFRACTION96
2.4981-2.65460.21651370.17042700X-RAY DIFFRACTION96
2.6546-2.85940.18351670.17362750X-RAY DIFFRACTION97
2.8594-3.1470.19981440.16742794X-RAY DIFFRACTION97
3.147-3.6020.19731470.15922808X-RAY DIFFRACTION97
3.602-4.53650.14091620.12962802X-RAY DIFFRACTION98
4.5365-34.66350.15821280.16512899X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.4447 Å / Origin y: 39.8277 Å / Origin z: 49.1009 Å
111213212223313233
T0.0123 Å20.0058 Å2-0.0014 Å2-0.0177 Å2-0.0076 Å2--0.0134 Å2
L0.0316 °2-0.0308 °2-0.0189 °2-0.0546 °20.0038 °2--0.0322 °2
S-0.0086 Å °-0.0086 Å °0.0052 Å °0.0053 Å °0.0072 Å °-0.0103 Å °0.0003 Å °-0.0049 Å °0.0011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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