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- PDB-3r1v: Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1v
タイトルOdorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulfide Bridges, in complex with an azo compound
要素Odorant binding protein, antennal
キーワードTRANSPORT PROTEIN / all helical protein / odorant molecules binding / mosquito antenna
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-{(E)-[4-(propan-2-yl)phenyl]diazenyl}phenol / AGAP001556-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / Field, L. / He, X. / Zhou, J.J. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae Exhibits an Outstanding Adaptability of Its Binding Site.
著者: Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / He, X. / Field, L. / Zhou, J.J. / Cambillau, C.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant binding protein, antennal
B: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2244
ポリマ－28,7432
非ポリマー4812
水1,09961
1
A: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6122
ポリマ－14,3721
非ポリマー2401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6122
ポリマ－14,3721
非ポリマー2401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.760, 41.970, 57.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Odorant binding protein, antennal / OBP 7 / Odorant-binding protein AgamOBP7


分子量: 14371.638 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: OBP7, AgamOBP7, AGAP001556, agCG57323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7PXT9
#2: 化合物 ChemComp-AZB / 4-{(E)-[4-(propan-2-yl)phenyl]diazenyl}phenol


分子量: 240.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 33 mM HEPES, pH 7.25-8.25, 0.4-1.0 M KCl, 6.6 mM sodium borate, 0.83 M sodium citrate tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→32 Å / Num. all: 11865 / Num. obs: 11865 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→31.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9105 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT/BUSTER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 589 5 %RANDOM
Rwork0.2425 ---
obs0.2431 11779 --
all-11779 --
原子変位パラメータBiso mean: 46.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3088 Å20 Å2-6.7431 Å2
2---4.2268 Å20 Å2
3----2.082 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.377 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→31.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 36 61 2034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092021HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.272751HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.7683SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes3.156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0291HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it02021HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.67
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02409SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.4 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 139 4.99 %
Rwork0.2686 2646 -
all0.2688 2785 -
obs-923 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0017-0.00290.00260.0009-0.0050.00290.00010.0001-0.00040.00010-0.00040.00020.0003-0.00010.0003-0.00030.0007-0.00020.0004-0.00033.3327-12.42227.385
2-0.00250.00140.04270.0608-0.06730.0696-0.0006-0.0025-0.0002-0.0004-0.00100.0018-0.00080.0016-0.003-0.00420.0026-0.0025-0.0012-0.00030.67650.584716.6821
30.0249-0.01710.01170.0164-0.01380.01440-0.00030.00010.000800.0002-0.00010.000100.00110.001-0.00060.00220.0010.00216.3958-3.387925.4993
40.00650.006-0.0070.0083-0.0207-0.0038-0.00030.00030.00020.0001-0.00020.00030.00050.00030.0005-0.0032-0.00070.00130.00010.003-0.00039.7214.569511.4827
50.0009-0.01610.00890.0137-0.0240.024300.0005-0.0001-0.00020-0.00130.00010.00100.0020.00060.00070.00050.001806.4863-10.815916.1584
60.0005-0.0005-0.00060.00070.00050.000300000000.000100.0001000.0002-0.00020.00026.2317-4.574917.1068
70.0006-0.0079-0.00120-0.00130.001200.00010.0001000.0004-0.0001-0.000200.00050.0006-0.00010.00010.00010-21.471426.308718.6405
80.0204-0.0116-0.03530.03380.0042-0.00260.0011-0.0006-0.00040.0017-0.0002-0.0003-0.0023-0.0011-0.0009-0.0023-0.0051-0.0003-0.0051-0.0037-0.003-11.809413.552311.6247
90.0135-0.00090.0070.0066-0.01480.01790.00010.00030.0005000.0005-0.0005-0.000200.00070.00090.0010.00210.00210.002-29.70517.94186.6108
10-0.00260.00210.00260.0014-0.00310.01350.00020.0008-0.0002-0.00040.00040.0003-0.0002-0.0006-0.0007-0.0022-0.0011-0.00120.0011-0.0011-0.002-14.65519.50621.5293
110.0087-0.0172-0.00770.0192-0.00050.0019-0.00010.00070.0003-0.00070.00030.00060-0.0004-0.00020.0010.00120.0004-0.00030.00010.0002-15.557624.75357.3567
120.0001-0.0004-0.00010.00250.00040.0016000000.00010-0.000100.00030.0002-0.00010.0005-0.00010.0008-16.523518.56487.9471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|10 - A|19}A10 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2{A|20 - A|78}A20 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3{A|79 - A|95}A79 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4{A|96 - A|117}A96 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5{A|118 - A|133}A118 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6{A|1 - A|1}A1 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7{B|11 - B|19}B11 - 19
8X-RAY DIFFRACTION8{B|20 - B|78}B20 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9{B|79 - B|95}B79 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10{B|96 - B|117}B96 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11{B|118 - B|133}B118 - 133
12X-RAY DIFFRACTION12{B|1 - B|1}B1 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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