PDB-3r1n: MK3 kinase bound to Compound 5b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r1n

タイトル

MK3 kinase bound to Compound 5b

要素

MAP kinase-activated protein kinase 3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase domain with bound inhibitor / Kinase domain / phosphotransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

macropinocytosis / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitogen-activated protein kinase binding / calmodulin-dependent protein kinase activity / toll-like receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / p38MAPK events / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Oubrie, A. / Kazemier, B.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure-based lead identification of ATP-competitive MK2 inhibitors.
著者: Barf, T. / Kaptein, A. / Wilde, S. / Heijden, R. / Someren, R. / Demont, D. / Schultz-Fademrecht, C. / Versteegh, J. / Zeeland, M. / Seegers, N. / Kazemier, B. / Kar, B. / Hoek, M. / Roos, J. ...

履歴

登録	2011年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r1n.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r1n.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r1n_validation.pdf.gz	733.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r1n_full_validation.pdf.gz	742.7 KB	表示
XML形式データ	3r1n_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	3r1n_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r2bC 3r2yC 3r30C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oql-d 4xey-1 2ijm-2 4u5j-2 6yxv-2 3g6h-1 4yc8-2 5lpw-d 5and-d 2i67-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MAP kinase-activated protein kinase 3

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.130, 75.790, 61.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MAP kinase-activated protein kinase 3 / MAPK-activated protein kinase 3 / MAPKAP kinase 3 / MAPKAPK-3 / Chromosome 3p kinase / 3pK 分子量: 36428.602 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 33-349) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK3 / プラスミド: pTrilJ-POPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q16644, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-05B / 2'-[2-(1,3-benzodioxol-5-yl)pyrimidin-4-yl]-5',6'-dihydrospiro[piperidine-4,7'-pyrrolo[3,2-c]pyridin]-4'(1'H)-one 分子量: 403.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₁N₅O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M citrate/Bis-tris propane, 12 % PEG3350, 10 mM DTT, 1 mM Compound 5b, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月15日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: VariMax-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→45.098 Å / Num. all: 21617 / Num. obs: 21617 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.09-2.21	3.1	0.515	1.3	9494	3081	0.515	98.5
2.21-2.34	3.1	0.354	2	9359	2974	0.354	100
2.34-2.5	3.2	0.239	2.9	8933	2817	0.239	100
2.5-2.7	3.2	0.164	4.1	8385	2621	0.164	100
2.7-2.96	3.2	0.096	6.9	7701	2400	0.096	100
2.96-3.31	3.2	0.06	10.7	7061	2185	0.06	100
3.31-3.82	3.3	0.039	16.1	6264	1926	0.039	100
3.82-4.68	3.3	0.033	16.9	5334	1638	0.033	100
4.68-6.62	3.3	0.035	16.2	4127	1265	0.035	99.9
6.62-45.098	3.2	0.023	22.3	2281	710	0.023	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→39.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.953 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2576	1119	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2142	-	-	-
obs	0.2165	21614	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.49 Å² / B_iso mean: 63.2263 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→39.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2218	0	30	73	2321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2	1.972	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	3	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.214	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.145	24.234	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.456	15	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.503	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.187	1.5	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.301	1.5	553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.044	2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.89	3	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.225	4.5	920

LS精密化シェル

解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	83	-
R_work	0.255	1426	-
all	-	1509	-
obs	-	-	96.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1276	-0.0939	-0.0817	6.1663	-3.5008	6.1492	-0.0958	0.1646	0.2511	0.295	-0.0488	-0.7037	-0.2404	0.3947	0.1446	0.0424	-0.003	-0.0179	0.2501	0.0022	0.3364	10.967	12.434	5.907
2	4.9907	-0.0877	-1.5202	8.2374	0.3911	5.2886	0.1613	-0.4983	-0.1472	0.5115	-0.0967	0.3556	0.2161	-0.1689	-0.0647	0.0518	-0.0345	0.0273	0.1891	0.0788	0.1502	7.786	-0.798	17.42
3	4.1771	1.8231	6.3312	6.0401	-2.8815	15.7619	0.6317	0.0013	-0.5763	0.9854	-0.3255	-0.7343	0.2558	0.4884	-0.3062	0.2541	0.0508	-0.0597	0.3506	0.1068	0.3157	16.306	-8.588	21.283
4	3.2127	1.3767	-0.9677	4.8395	-0.607	4.4419	0.2905	-0.8612	-0.3776	1.2607	-0.1114	-0.1778	0.493	0.2133	-0.1792	0.5425	-0.0226	-0.124	0.4484	0.1688	0.3632	14.473	-8.82	27.175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	138 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	219 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	263 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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