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万見
- PDB-3r1h: Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate prelig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1h
タイトルCrystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Ca2+ bound
要素
  • 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
  • Class I ligase ribozyme
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / ligase ribozyme / catalytic RNA / ribozyme / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Shechner, D.M. / Bartel, D.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of RNA-catalyzed RNA polymerization.
著者: Shechner, D.M. / Bartel, D.P.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
C: Class I ligase ribozyme
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
F: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,29132
ポリマ－111,2496
非ポリマー1,04226
水70339
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
C: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,18617
ポリマ－55,6253
非ポリマー56114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
F: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,10615
ポリマ－55,6253
非ポリマー48112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.6900, 70.0110, 71.8580
Angle α, β, γ (deg.)99.8470, 99.7350, 103.6510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / U1 snRNP A / U1-A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA binding domain (UNP residues 1-98) / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: p11U1ADb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'


分子量: 2181.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Ligase substrate
#3: RNA鎖 Class I ligase ribozyme


分子量: 42102.906 Da / 分子数: 2 / 変異: C47U / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE FROM LINEARIZED PLASMID P307HU_C47U
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium acetate, 10 mM strontium acetate, 1mM spermine, 16-20% MPD, crystals in same conditions with 30% MPD were crushed and used as microseeding ...詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium acetate, 10 mM strontium acetate, 1mM spermine, 16-20% MPD, crystals in same conditions with 30% MPD were crushed and used as microseeding stocks, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 18190 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HHN

3hhn


解像度: 3.15→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.255 910 RANDOM
Rwork0.212 --
all-18190 -
obs-17280 -
原子変位パラメータBiso mean: 89.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1475 5862 26 39 7402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1331887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8691973
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0831329
LS精密化 シェル解像度: 3.1327→3.164 Å / Total num. of bins used: 34 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2566 240 -
obs--44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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