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- PDB-3r0p: Crystal structure of L-PSP putative endoribonuclease from uncultu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r0p
タイトルCrystal structure of L-PSP putative endoribonuclease from uncultured organism
要素L-PSP putative endoribonuclease
キーワードHYDROLASE / endoribonuclease
機能・相同性RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / L-PSP putative endoribonuclease
機能・相同性情報
生物種uncultured organism (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Petit, P. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-PSP putative endoribonuclease from uncultured organism
著者: Cuff, M.E. / Petit, P. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2011年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-PSP putative endoribonuclease
B: L-PSP putative endoribonuclease
C: L-PSP putative endoribonuclease
D: L-PSP putative endoribonuclease
E: L-PSP putative endoribonuclease
F: L-PSP putative endoribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9106
ポリマ－81,9106
非ポリマー00
水7,350408
1
A: L-PSP putative endoribonuclease
B: L-PSP putative endoribonuclease
F: L-PSP putative endoribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9553
ポリマ－40,9553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
2
C: L-PSP putative endoribonuclease
D: L-PSP putative endoribonuclease
E: L-PSP putative endoribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9553
ポリマ－40,9553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12910 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.414, 82.680, 99.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
L-PSP putative endoribonuclease


分子量: 13651.667 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D8VN48
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, 0.2M Ammonium sulphate, 25% PEG3350, 1/75 subtilisin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 54073 / Num. obs: 42525 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2647 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.532 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 4982 5.1 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1786 -94.55 %-
all-51672 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.04 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.776 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.8388 Å20 Å2
3----4.9372 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5638 0 0 408 6046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0567832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3912056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9004-1.96830.30444600.2548067X-RAY DIFFRACTION82
1.9683-2.04710.24815050.21338647X-RAY DIFFRACTION89
2.0471-2.14030.26734270.19738980X-RAY DIFFRACTION91
2.1403-2.25320.25924770.18939286X-RAY DIFFRACTION94
2.2532-2.39430.26594920.18769354X-RAY DIFFRACTION96
2.3943-2.57920.24495200.19519466X-RAY DIFFRACTION97
2.5792-2.83870.21215030.18039703X-RAY DIFFRACTION99
2.8387-3.24930.23175170.1999713X-RAY DIFFRACTION99
3.2493-4.09320.18195330.15899741X-RAY DIFFRACTION100
4.0932-42.54260.16455480.14489722X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.2817 Å / Origin y: 20.9272 Å / Origin z: 53.1229 Å
111213212223313233
T0.1186 Å20.0147 Å2-0.0258 Å2-0.1528 Å2-0.0028 Å2--0.1461 Å2
L0.0658 °20.03 °2-0.0465 °2-1.8564 °21.3965 °2--1.3217 °2
S0.0176 Å °-0.0085 Å °-0.0132 Å °0.2474 Å °0.0145 Å °-0.0839 Å °0.2447 Å °0.0221 Å °-0.032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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