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万見
- PDB-3r09: Crystal structure of probable HAD family hydrolase from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r09
タイトルCrystal structure of probable HAD family hydrolase from Pseudomonas fluorescens Pf-5 with bound Mg
要素Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
キーワードHYDROLASE / structural genomics / enzyme function intitiative / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / haloalkane dehalogenase family / possible hydrolase / Enzyme Function Initiative / EFI
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #80 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #80 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 and 3
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Miller, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. ...Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Miller, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of probable HAD family hydrolase from Pseudomonas fluorescens Pf-5 with bound Mg
著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Miller, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32013年11月20日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8903
ポリマ－22,7701
非ポリマー1202
水2,846158
1
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子

A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7816
ポリマ－45,5402
非ポリマー2414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.299, 66.299, 251.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-212-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family / Putative HAD family hydrolase


分子量: 22770.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf-5 / ATCC BAA-477 / 遺伝子: PF-5, PFL_5400 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K5L5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Protein 10 mM HEPES pH 8.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 10 mM MgCl2, Reservoir (2.5 M NaK phosphate pH 5.0, 150 mM NaCitrate), Soak (1.5 M MgSO4, 200 mM MES pH 5.3, 20% glycerol, 10 ...詳細: Protein 10 mM HEPES pH 8.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 10 mM MgCl2, Reservoir (2.5 M NaK phosphate pH 5.0, 150 mM NaCitrate), Soak (1.5 M MgSO4, 200 mM MES pH 5.3, 20% glycerol, 10 min, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17605 / Num. obs: 17605 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 51.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 15.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 881 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M9L

3m9l


解像度: 2.2→32.053 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8727 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 857 4.98 %random
Rwork0.1791 ---
all0.1806 17198 --
obs0.1806 17198 97.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.539 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 114.03 Å2 / Biso mean: 28.3462 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8282 Å20 Å2-0 Å2
2--0.8282 Å2-0 Å2
3----1.6564 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 6 158 1680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9252157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.691577
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1997-2.33750.23811300.1942547267795
2.3375-2.51790.26941360.19822605274196
2.5179-2.77110.18811430.18742681282498
2.7711-3.17180.24531440.18382715285999
3.1718-3.9950.20721450.17382797294299
3.995-32.05610.17441590.16892996315599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01690.0075-0.0080.0263-0.02140.0162-0.0398-0.01570.0034-0.01870.021-0.00870.0088-0.0005-0.00530.20980.08590.03710.0585-0.00410.102550.50886.024819.5366
20.038-0.0059-0.01370.01130.00250.0056-0.0591-0.01240.0109-0.00250.0295-0.06120.02380.03620.02120.21810.0183-0.04740.0724-0.00120.146865.0748-7.8634-2.2895
30.07720.04620.00470.03450.00240.0333-0.06630.0059-0.05640.01120.05480.01290.0318-0.01350.00290.22950.05320.01360.1160.01410.158252.0637-1.867616.9236
40.0037-0.00340.00640.0032-0.00540.0113-0.0084-0.0074-0.0221-0.0082-0.00320.00810.0032-0.0035-0.01060.16810.0827-0.0440.09530.00240.137243.24517.597420.9798
50.1025-0.0791-0.11610.07620.07570.2163-0.0837-0.0052-0.08520.0116-0.0650.1033-0.0054-0.1120.05110.17550.0461-0.02680.1231-0.04580.208239.16596.781718.8018
60.0137-0.0021-0.00050.01430.00020.0013-0.0279-0.0009-0.0099-0.0578-0.00960.0362-0.0711-0.0252-0.00990.31770.15860.02540.0355-0.02260.099753.155415.821217.4592
70.0548-0.0334-0.01490.0620.02240.0213-0.0087-0.02020.00020.0060.0084-0.0047-0.01190.006-0.00150.20150.09230.02190.16430.01380.136160.83188.211527.4667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:23)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:60)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 61:85)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 86:96)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 97:139)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 140:187)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 188:198)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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